四年后的真新镇。
在小修家里，小修正在叫他的神奇宝贝起床。
“小蜻！起床了！我们该出发了！”
（嘛！让我再多睡会！这四年来陪你们四个一直训练，虽然我也因此进化！但真的好累！你就让我再多睡会嘛！）一只沙漠蜻蜓躺在床上说道。
这只沙漠蜻蜓正是小蜻。四年前小修的地狱式训练可是让他们的神奇宝贝也参与在内。
其中小智的训练内容第一是蒙住双眼，运用波导之力躲避神奇宝贝们和小修他们三人的所有攻击；第二是学会导弹，并且能运用自如；第三是把波导之力凝聚在脚上，然后在树上行走，如若成功了就改在水上行走。（这套训练方法是参造火影忍者的训练方式。）
小蓝的训练内容是这样；第一是用超能之力把物体放到自己的正上方，维持到无法维持为止；第二是学会瞬间移动，蓝素和蓝洛负责教小蓝；第三是运用念力让自身浮在空中。
小茂的训练内容比较少：他的训练内容就是如何更好地控制他那变异的御龙之力。
没错！就是变异！小修在小茂他使用御龙之力的那一刻起，就通过赐予之力看出，小茂的御龙之力是变异的，因为它有着御龙之力没有的新能力：可以控制任何神奇宝贝！无论它跟龙有没有关；可以让他听懂神奇宝贝的语言。
因此，小修给小茂制定的训练内容是这样：让他先学会如何收放自如地运用御龙之力；之后便是学会放大范围；最后便是学会如何把御龙之力针对在他想针对的目标。
而小修的训练内容就是锻炼身体，因为他发现，如果没有足够好的身体，是无法发挥出赐予之力的全部威力。
而神奇宝贝们也没闲着，小修让小智他们提前接触神奇宝贝战斗，让他们四人的神奇宝贝不断地战斗。
在那期间，小修的小蜻由大颚蚁一路进化成沙漠蜻蜓，小茂的伊布也进化成月精灵。
小修跟小蓝说等她找到了极品月之石再让小胖丁进化。
皮神表示自己不想进化，于是小修便为它找来了一个电气珠（是放在他老爸的实验室里），皮神吸收后表示非常舒服。（后来小修得知那是他老爸和超古代的一些科学家共同研究出来的神级电气珠，有自我意识，没有足够的天赋就想驾驭它，是会死的！这也因此小修很庆幸他给的是皮神。）
现在，小蜻因为嫌累而躺在床上赖床。
小修在以前还真拿小蜻没辙，但现在
“翠蝶”（啊别过来！）小蜻被这名字吓了一跳，吓得它振动翅膀，飞了起来，却忘了它是在狭窄的房间里，结果头撞到了天花板上，掉了下来。
这时，一只正常颜色的拉鲁拉丝用瞬间移动过来，它问小修：（小修哥哥！你叫我有什么事？）
“是这样的！我想麻烦你叫小蜻姐姐起来。”
（不不不用了！我已经起来了！）小蜻慌张地说。
（这样吗？那我去帮妈妈它们做饭。）
（哦！去吧！等等！做饭！）“等等！做饭！”（最后这句小蜻和小修同时说的。）
“千万不能让你妈妈它们做饭！”（千万不能让你妈妈它们做饭！）
可惜，还是晚了。
砰！一声响亮的爆炸声再次在真新镇响起。
小修和小蜻匆忙地跑下楼（小蜻其实是飞的），看到厨房已经被炸得惨不忍睹。
而这一切的罪魁祸首，便是蓝素和蓝洛。
“蓝素蓝洛！”（蓝素蓝洛！）
：翠蝶是蓝素和蓝洛在一年前生的孩子，不过不知为何，它一出生就是正常颜色的拉鲁拉丝，但这并没有影响蓝素和蓝洛对它的爱，小修亲自给它取了翠蝶这个名字。
十分钟后，大木博士家门口。
小茂和小蓝在分别领走了小火龙和杰尼龟这两只神奇宝贝，就已经踏上征途了。唯独还有处理家事的小修和命中注定会睡过头的小智还没出发。
而在大木博士家门口却有人在等他们，那个人就是塞蕾娜。塞蕾娜听从小修的建议，顺利争取到了交换生这个名额，便在今天到达了真新镇，她从大木博士那听说小智和小修还没出发，便一个人在大木博士家门口那里等他们的到来……
只见塞蕾娜独自一人站在那，可嘴上却在喃喃自语什么？
塞蕾娜：“啊好无聊啊大木博士说小智和小修他们还没出发，可为什么还没看到他们的身影呢？”
忽然！怀伊酱眼神变得凌厉起来，语气也改变了，说：“那塞蕾娜，要不要待会我骂骂小智呢？我好不容易才帮你争取到了交换生这个名额，就是为了让你能顺利见到小智！他倒好！还敢迟到！看我不骂死他！”
塞蕾娜的语气和眼神忽然又变了回来，说：“不要啦！怀伊酱！虽然小智让我苦等，但你让我骂人我还真做不到！还有！你别说得好像我请你帮我争取到的这名额就是为了见小智似的！我才不是因为这个呢！我来这是为了见小蓝的！”
如果小修看到这一幕，一定会惊讶到下巴都掉下来的，因为塞蕾娜此时的情况，是双重人格分裂症！
但这也很奇怪，一般来说双重人格分裂症患者是不知道有另一个人格的存在，可塞蕾娜却知道有“她”的存在，并且在与“她”聊天！
怀伊说：“你不会骂人，我会，待会你让我来骂小智他不就行了嘛，还有！你骗得了别人，却骗不了我！别忘了！我是你创造出来的人格，我比任何人都了解你，”（为了方便分辨，直接把另一个人格写成一个人）
塞蕾娜说：“可这样小智他会以为我不是淑女的！”
怀伊说：“我知道你喜欢小智，但你也不用这样吧！”
塞蕾娜开始害羞了，着急地说：“没有没有！我绝对不是你想的那种喜欢啦！你别误会！”
怀伊一脸坏笑地说：“真的吗？我说过！我是你的第二个人格！你什么也骗不了我的！”只有塞蕾娜才能看到她
塞蕾娜害羞地说：“好啦！你别再说了！”
怀伊忽然说：“不好！他们好像要过来了！我不跟你聊了！我先回去了！”
“诶！你怎么知道的啊？怀伊酱？怀伊酱！”塞蕾娜大喊怀伊，但她怎么也不回应。
“塞蕾娜！你在跟谁说话呢？”跑在最前面的小智最先赶到大木博士家门口，看到塞蕾娜的异常，跑过去问道。
“呃！这个啊！我没和任何人说话啦！小智你看错啦！啊！是皮卡丘啊！好久不见！皮卡丘！”塞蕾娜通过跟皮卡丘打招呼，来转移小智的注意力……
“皮卡！皮卡！”（好久不见！塞蕾娜！）
“这样吗？算了！诶！小修！你走快点行不行啊！我知道你很失落！但你也不至于这样吧？”小智对还在山坡上的小修说。
只见小修晃晃悠悠地走到大木博士家门口，神情看似十分低落。
“小修？你还好吧？”塞蕾娜走上前去，关心地问小修。
“呵呵！能好吗？我的家已经是第10次被毁了！第10次诶！换作你看你会不会崩溃！”小修一脸崩溃地说。（其它的9次是在别人家或野外做饭的次数。）
“哇！小修！你的表情好恐怖啊！”塞蕾娜被吓到的说。
“好啦！小修！反正咱们也是要去外面冒险的！家可能在你回来的时候就已经有重新恢复了，毕竟之前就听你说只是厨房被炸毁了而已，又不是你整个家都没了！”小智说道。
也不知道小智是不是有乌鸦嘴，啊不！是黑暗鸦嘴！他话刚落音，真新镇小修家所在的方向就发生了一场大爆炸！
小智和塞蕾娜大汗，小修更加崩溃了。
“啊小智你这个黑暗鸦嘴！这次难道又是蓝素蓝洛它们不死心！又跑到厨房那边去做饭！”
这时，翠蝶忽然从精灵球里出来，（小修目前戴在身上的神奇宝贝是小蜻娃娃和翠蝶，娃娃是几天前他向大木博士讨要的，是一只妙蛙种子，蓝素和蓝洛他寄放在花子那边。）向小修道歉说：（对不起！小修！我之前有在被炸掉的厨房的灶台上煮一锅粥，我好像，忘记关火了。）
小修一脸怒意地看向翠蝶，如果眼光能杀人的话，那翠蝶早已被小修他那几乎要杀了它的目光给杀死好几次。“翠蝶”
（啊呜呜！）翠蝶害怕的跑到塞蕾娜身后去，小修走过去，准备好好教训下翠蝶。
塞蕾娜不忍心小修要打翠蝶，对小修说：“小修！你若是不喜欢翠蝶的话，可以把它给我！你别打它！”
小修听到这话，不得不强制压制怒气，从腰间中拿出翠蝶的精灵球，丢给塞蕾娜，说：“给我好好管教它！”
“我会的！”
“好啦！别聊天了！我们快出发吧！小茂和小蓝他们都已经先走了！我们要是还不出发！会被他们给笑话的！尤其是小茂！”小智着急滴说。
“好好好！出发！目的地！常磐市！”小修说。
“呦西！常磐市！出发！”小智跟着附和说。
“可是，你们知道常磐市往哪走吗？”
气氛顿时尴尬起来。
“那个，我们”“不知道！”
“唉！真是的！明明这样信誓旦旦地说，却连往哪走都不知道！我向大木博士问过了，从真新镇出发，离我们最近的城市就是常磐市，至于去那的路，你们总该知道走哪条路可以离开真新镇吧！”
“喔喔喔！塞蕾娜！你真不愧是我的青梅竹马啊！这么快就找到了路！太好了！不像某人。”小智说。（塞蕾娜听到这话脸都红了。）
“小智！你又不是不知道！我们可是一次都没离开过真新镇！不知道去那的路是否正常！可怎么到你嘴里就变成好像不知道路才奇怪似的。”
“不然小茂和小蓝他们为什么是单独旅行？”
“你笨那你！谁跟你说小茂是一个人旅行的？他身边可是跟着一群美女军团的！至于小蓝！你忘了她有她父母给的导航地图呢吗？有那导航！小蓝才敢独自一人旅行！”
“诶诶诶！怎么这样！难道说只有我们是属于在没有任何导航装备的条件下去旅行的吗？”
“当然了！好了！别失落了！没有导航还是有一个好处：那就是你可以通过旅途来增长你对神奇宝贝的认识，还可以在路上遇到一些有趣的同伴！可比小茂他强多了！”
“真的！好！再说一遍！出发！目标常磐市！”