由于神奇宝贝全部受伤，再加上他们也受了点伤，于是就在彩虹市多呆了几天，在这几天，莉佳负责给他们提供住所。
在莉佳提供的这间宾馆里，小修他们在里面养伤。
小修问：“这次，我们败了，败得很彻底，对方在实力上并没有比我们强多少，这一点你们都很清楚，但为什么他们能打败我们呢？因为他们把神奇宝贝当成工具，让那些神奇宝贝在我们面前使用大爆炸，神奇宝贝们都受到了非常严重的伤害，所以在这个时候我想问，如果我们也把神奇宝贝当成工具，你们觉得，好吗？”
“不好！”众人异口同声地说。
“我绝对做不到把家人当做工具！”小黄说。
“搭档永远都不是工具！”小智u0026小茂u0026小蓝。
“我做不到把伙伴当成工具！”小霞u0026小刚。
“我和你们一样的想法，我也做不到把家人当成工具，而对方可以，所以，我们要变得比现在更强！让他们，连把神奇宝贝牺牲的机会都没有！就被我们彻底打败！你们！有信心在未来的几个月里！变得更强吗？”
“有！”6
“好！等我们的伤全都恢复之后！我给你们制定一些训练方案！让我们大家！就此脱胎换骨！”
“哦！”6
这时候莉佳突然到来，什么也没说，就直接跪在他们面前，说：“对不起！我很抱歉！我身为彩虹市的道馆训练家，火箭队在我的眼皮底下作这种残害神奇宝贝生命的事，我竟毫无察觉！还害得你们的神奇宝贝因此受到这么严重的伤！我真的很对不起你们！”塞蕾娜她们赶紧把莉佳扶了起来，说：“莉佳姐姐，我们没有怪罪过你，真的。”
“可是”莉佳还想说些什么，被小修打断说：“你如果真的想表示歉意的话，就答应我一件事：收养那些神奇宝贝，你自己收养几只，然后在找几个好的训练家，把剩下的神奇宝贝托付给他们，有些还不愿相信人类的，就把它们放归野外吧，让时间冲淡这一切，等到，我们把火箭队消灭为止！”
莉佳突然发现，这个孩子，比在场的任何人都要成熟，给人一种，非常靠谱的感觉。
不仅是莉佳，其他人也是一样的想法，他们突然觉得，小修，好像一下子成熟了。
“现在，各位，睡觉。”然后小修就躺在自己的床上，呼呼大睡去了。
众人瞬间扑街，他们瞬间明白小修会一下子成长为一名成熟的人根本就是不可能的，就好像小智这家伙是绝对不会主动亲女孩子一样！这是除了小智以外的其他人的想法。
殊不知这个想法在未来的某一天被打破，但现在，众人只想，教训一下小修这个混蛋。
十分钟后
“对不齐，龌龊了。（对不起，我错了。）”被人打成猪头的小修口齿不清地说。
小修虽然嘴上说道歉，但他心里实在想不明白，自己应该没有做出什么惹大家生气的事啊？为什么会被打呢？而且他好像还看到小黄也出手打他，他是真心不明白。
但再怎么不明白小修也知道，此时要是不尽快道歉，肯定还会被打！
“算了，原谅你了，小修，我们什么时候开始特训？”小智问。
“这个啊，明天，对了，大家都还好吧？”小修突然问起莉佳说。
“你如果是说你们的神奇宝贝的话，他们现在很好，就是你的那只沙漠蜻蜓好像一直在做噩梦，到现在都还被噩梦所困扰。”莉佳说。
“是吗？那我去看看它。”小修说完就离开了。
他来到了神奇宝贝中心，走到小蜻的身边，用超能之力看看小蜻的噩梦，却看到了令他更愤怒的一幕。
在小蜻的梦中，有一群穿着大白褂的类似研究员的人，不！可能他们就是研究员！他们好像在把什么东西注射进神奇宝贝的身体里，然后神奇宝贝们就突然暴毙了，少数没有死亡的也都发疯，而且最过分的事，那些科学家并没有把神奇宝贝的尸体放在试管里，而是就这样随手丢在一边，甚至那些家伙还拿起神奇宝贝的蛋来做实验！他甚至都能听到那些神奇宝贝在蛋里的哀嚎！然后小蜻醒了，噩梦也结束了。
小蜻和小修大口喘气，而且他们两个都流下了眼泪，小修一脸怜惜地摸小蜻的头，说：“很痛苦呢，我看到了，也感受到了。”说着小修的眼泪流了更多了。
（你现在知道我的真相了吧，我也是看到那些神奇宝贝的尸体才回忆起来的。）
“那又怎么样？你依旧是我的家人，你看，这里还有一个和你一样被改造的孩子呢，不是吗？”小修指着在隔壁房间睡觉的波士可多拉。
（是啊，我想我和那些孩子们一样，都是以前的意识被杀掉，然后重新塑造出一个新人格。）
“或许是这样，但你依旧是你，小蜻，你是我的家人，其他的神奇宝贝也是，我不会抛弃你们的，我想和你们永远在一起，这是我的想法，所以我要成为精灵掌门人，保护你们。”
（谢谢你，小修。）
“不过我怎么也没想到在超古代也有神奇宝贝的改造实验，我现在只要一想到那些混蛋这样对待神奇宝贝的尸体！我就想回到过去！把那些混蛋全宰了！”
（先不说你有没有回到过去的能力，就算你回去了，我也会阻止你这么做的。）
“为什么！小青你应该是最恨那些家伙的吧？”
（我承认，我恨他们，但那又怎样？做和他们一样的事，残害生命？我做不到。）
“呵呵，我没想到最成熟的是你啊，小蜻。”
（别这么说。）
“不过跟你这么一聊天，我突然觉得，我以前很不成熟呢。”
（废话，你只是孩子。）
“你不明白，我哇啊”小修正准备说些什么，就被那只波士可多拉被紧紧抱住，这不算什么，哪怕被它抱得再紧，都不如它说的一句话：（爸爸。）
没错！就是爸爸！他怎么也没想到！这只波士可多拉会叫他爸爸！他还没结婚娶妻生子呢！就有个这么大这么壮的儿子了！还不是人！他想死得心都有了。
（姐姐。）波士可多拉对小蜻说。
（嗯，乖）小蜻轻轻地抚摸它的头。
（不归它取名字吗？只要是你的家人你都会取名字的，更何况，这是你‘儿子’。）
“你是故意损我的吧？你绝对是故意损我的吧！算了，就叫它战车吧。”
（战车？这是我的名字？太好了！我有名字了！谢谢你爸爸！爸爸我爱你！）
“别爸爸爸爸地叫我！在我听来怪恶心的！”小修真想哭出来的说。
“小修，小蜻它们还好吧？”此时小智走来问候道。
（是小智啊，没问题了，明天就可以出院了。）
“是吗，那就太好了。”
（妈妈！）
全场寂静。
“不，不好意思，麻烦你重说一遍，你刚刚叫他什么？”小修开始怀疑自己的耳朵是不是出问题了。
（就是妈妈啊，爸爸。）
又是一场寂静。
（噗！哈哈哈哈啊哈哈哈）小蜻彻底憋不住了，大肆嘲笑起来。
“你怎么会叫我妈妈呢！而且叫小修就是爸爸！”小智崩溃的说。
“哈哈哈哈！我想是因为你变性以后比我还有女人味的原因吧？哈哈哈哈！我真想让你变成真的妈妈呢！”小修无情嘲笑小智说。
“别开玩笑了！我才不想一直都是女孩子的样子呢！”
“可是从它叫我是爸爸我就觉得，我应该个它一个真正的妈妈好一点不是吗？”
“你够了！你当妈妈得了！”
“在样貌上，你更适合哦。小蜻，跟小智合体去。”
（料该！）了解！
“别想！”小智转身就逃。
“把小智抓回来！”（哦）2
就这样，一场追逐战就此展开，最终还是小霞一拳把小智和小修打倒，阻止了这场闹剧。
不过最终小智还是被迫变成了小慧，因为那只喜欢小智的大嘴娃突然扑向小智，再加上小修从中作梗，结果小智和大嘴娃合体，不得不说，和大嘴娃合体后的小智长得还挺可爱的，一头清爽的单马尾，红色之间带有黑色的异瞳，再加上黄色的连衣裙，简直就是一个阳光少女，不过变回小慧后，小智的人格就好像隐藏了起来，彻底变成了小慧，举手之间散发出贵族的气质，还非常的有礼貌，看上去就像是一名淑女，配合她那男女通杀的妖精面容，彻底征服了在场所有人的心。大家甚至开始统一决定，以后就让小智一直保持小慧这个样子更好。
可惜一个小时过后，小慧又变回了小智，还把小修推倒在地上大打出手，不过小修又岂会如他所愿，跟小智干起架来，小茂还插上去一脚，最终变成了三人混战，打了整整两个小时他们三个才停了下来，而且停下来的原因还是打着打着睡着了！