小修一行人离开野生原野区后，往阳光镇的方向前行，途径经过一个只能让单车通过的大桥，并且一行人还遇到了一个乔伊小姐，因为人手不够被委托送药，于是大家骑上小霞给他们购买的自行车出发，在路上，遇到了一群单车飙车族，被要求对战，但小智他们现在的实力岂是原著中的那样，无论是什么神奇宝贝，都是一招秒杀，毫无悬念，然后火箭队再次登场，不过小修他们觉得他们就是来揭穿他们自己的黑历史的，正当他们想把他们打飞的时候，君莎小姐在此时出现，帮她们解决了一项麻烦，然后君莎小姐没离开多久，就突然来了一场暴风雨，大家不得不冒着大雨出发，才怪！有波导之力在还会淋雨？而且虽然距离很远，但对于小修而言只是要稍微累一点用超能之力就行了，之前骑单车只是想体验一下骑单车的感觉，现在下雨了，就得赶时间了。很快，在小修的超能之力的帮助下。众人抵达阳光镇的神奇宝贝中心，把药及时送给那只生病的神奇宝贝，然后众人便离开了；之后众人在赶路的时候突然又下起了一场大雨，虽然有小智和小修的波导之力不会淋湿，但长久下去不是办法，于是众人最终躲到了一座有些阴森的小屋里，然后伊美蒂就让她的百变怪不断地变化以此吓唬小智他们，但被吓到的也就只有塞蕾娜他们，小智他们完全没被吓到，小修还指出这是一只模仿不当的百变怪，然后小智一行人试图帮助那只百变怪，让它可以模仿成功，但全部失败，就在这时，火箭队突然把百变怪抢走，但在找到百变怪他们的时候，众人还演了一场火箭对模仿秀，被火箭对他们狠狠吐槽了一遍，不过伊美蒂看到在火箭队的帮助下，她的百变怪终于可以完美模仿了，非常高兴，就在这时，小修趁机把百变怪和伊美蒂传送到他们的身边，然后皮卡丘和小蜻把他们再次打飞；之后一行人来到了一座森林，就在这时，一只野生的皮卡丘突然在注意着他们，于是皮卡丘和秋秋决定前往森林内部一探究竟，结果发现这里竟然全是皮卡丘和皮丘！虽然原著里只有皮卡丘，但如果没有皮丘的话哪来的皮卡丘？一开始这里的皮卡丘和皮丘都有些害怕皮卡丘和秋秋，但很快它们就接受了，皮卡丘和秋秋很快就与它们打成一片，而且在小黄的常磐之力的影响下，这些皮卡丘很快适应了人类，在晚上，火箭队突然抓住了这些皮卡丘和皮丘，但才刚抓住不久，就被皮卡丘和秋秋打飞，然后塞蕾娜收服了一只皮丘，一行人就这样离开；小修等人在旅途中遇到了一只伊布，看它周围又备有水与食物的盘子，而且还被人用绳子绑在树干上，怎么看都像是被抛弃的，可它脖子上绑的金属牌却又让大家困惑不已，于是众人决定前往金属牌上的地址，来到了史顿镇的一座豪宅，里面正在举办神奇宝贝游园会，众人也在里面找到了伊布的训练家太一，得知太一的苦恼后，小修向众人介绍伊布的其它种类的进化型，并且还画了其他进化型的图，就在这时，火箭队又跑出来捣乱，吃起了食物，很快就被小修他们又一次打飞，最终在小修的解说下，太一决定让伊布自己选择，伊布决定进化成草精灵，于是小修向他们说明上哪可以让伊布进化成草精灵，然后一行人又踏上旅途；之后一行人来到了一座城镇，想吃点东西，但这里突然闹旱灾，没有食物来源，于是众人到上游一看，发现是被一大群荆棘给堵住了河道，导致上游的水无法往下流，众人用尽办法，都无法根除，于是决定叫醒那只沉睡的卡比兽，最终在神秘老爷爷的帮助下，卡比兽被叫醒，吃光了荆棘，于是众人继续赶路。
最终，一行人来到了黑暗市。
“说起来很久以前我就想知道了，为什么会有座城市叫黑暗市？”小黄说。
“是啊，我也想知道。”小智说。
“我也是。”塞蕾娜跟着说。
“等到了你们就知道了。”小修说。
抵达黑暗市后，明白这里为何叫黑暗市了，乌云盖顶的天空，歪歪斜斜的大门，一眼看去，哪像城镇？说是战争后残留的废墟还差不多。
“这城市是怎么回事？该不会是闹鬼吧？”小霞有些害怕的说。
“真的！这里看起来这么阴森，不会真的有鬼吧？”塞蕾娜也害怕得发抖的说。
“不是啦，这里没有闹鬼，只是有些破败罢了。”小修有超能之力，在幽灵系上的感知比小智要敏锐得多，听到他说这话，两女也就放心了。说到这大家一定会很好奇为什么小黄不怕鬼？因为在小黄眼里所谓的鬼只是一群幽灵系神奇宝贝的恶作剧，根本没啥好怕的。
“也就是说，这些建筑都是人为破坏的。”看到周遭破破烂烂的建筑，小刚不禁沉思。
“小心！”2
小智和小修突然齐齐喊道，小修左手一抬，便开启了一个绿色的防护罩，挡下了几个乒乓球大小的小石子。
“喂！你们为什么要攻击我们！”小智生气地朝一处屋顶喊道，然后一群小孩走了出来，看来刚才丢石头的人就是他们。
“因为你们是神奇宝贝训练家！”“只要是神奇宝贝训练家，就是坏人！”“没错！训练家什么的最讨厌了！”这三个小孩虽然小修的手段吓了一跳，但很快他们对训练家的不满就占了上风，立即大叫道。
“啊嘞！”小智完全没想到会是这样的回应，这也难怪，以精灵掌门人为目标的他，再加上一路旅行过来的所见所闻让小智认为成为一名优秀的神奇宝贝训练家是一件光荣的事同时也是大多数小孩的梦想，第一次听到有小孩讨厌训练家，让他不知该如何回答。
“真的很抱歉！”就在这时，一个有些急切的声音传来，是一名中年男性，估计是这三个小孩的家长。
“我对这些孩子的行为向你们道歉！请你们千万不要伤害他们！”男子非常焦急，生怕下一秒小智他们就动手打人。
“呃”这下小智更加不明所以了。
“叔叔，请问一下，你们为什么会觉得我们会打你们呢？我们又不是坏人。”小修突然想起这段剧情，小心滴问道。
“咦？难道你们不是卡兹道馆或亚斯道馆请来的打手吗？”男子惊讶地问。
“打手？”6人不约而同地瞪大的眼睛，很有默契地说。“皮卡？”（打手？）
解释缘由的分割线
“纳尼！为了争夺联盟承认的道馆资格而大打出手！”小智了解完事情始末后，惊讶地说。
“可是为了成为正式的城市道馆而将战斗波及到居民，这与道馆馆主保护城市居民的责任相违背了！”小刚气愤的说。作为联盟正式承认的道馆训练家，小刚无法认同这种行为，这一点小霞和他一样。
“但是联盟规定一座城市只是有一座道馆，当出现两个联盟后补的时候，用战斗解决也确实是联盟认可的方法之一，只是黑暗市的情况过头了。你们还记得娜姿吧？娜姿也遇到过这种情况，但和娜姿不同，娜姿在属性和实力上是完全秒杀对方，所以很快就敲定，而从黑暗市的情况来看，这两个道馆候补人选实力相当，所以才一直无法稳定下来，以致周遭居民一起遭殃。”小修解释说。
“就算如此！也不能殃及居民！”小黄气愤地说：“让大家害怕的道馆训练家根本不配当道馆训练家！”
“说得对！”塞蕾娜附和道。
“说得真好呢，小黄。”小智赞赏道。
“就光凭这点，小黄你可以去申请成为联盟的正式道馆。”小霞说。
被大家这么一夸，小黄有些害羞地说：“那个那个，我还不够格呢，毕竟我还这么弱，还这么小。”
“小了点又如何？你实力都足够了不是吗？”小刚说。
“我”小黄刚想说什么，突然
“轰隆”一声炸响。
“小的们！上啊！把他们打得连妈妈都认不得！”
“让卡兹道馆的人见识我们的厉害！上啊！”
大家被突然传来的巨大声吓到，纷纷到窗边观望，看看街上发生了什么事。
只见一群蓝色系制服和绿色系制服的训练家在街上大打出手，神奇宝贝的招数给对方造成伤害的同时，还破坏到了周遭居民的建筑。
“啊！是卡兹道馆和亚斯道馆的人！”男子说。
“果然是他们！”小修说。
“这已经不是神奇宝贝对决了！打群架还差不多！”塞蕾娜说。
“不能再让他们胡作非为了！皮卡丘！我们上！”虽然对方人多势众，但小智毫不畏惧，立即招呼他的王牌，可等了半天皮卡丘也没任何反应。
（这小子不怕了吧？）这般想着，小智不禁有些恨铁不成钢地转过头一看，结果直接扑街。
原来皮卡丘正舔着一瓶番茄沙司，脸上的表情犹如登上极乐乐园。
“别吃啦！赶紧跟我出去战斗！”
“算了，对付他们还用不上王牌，正好试试那两个孩子的实力。”小修说。
“你是说”
如众人猜想，卡兹和雅思两人的飞天螳螂和电击兽实力可谓难分仲伯，今天也一如往常般打得难解难分。
“可恶！飞天螳螂！用剑舞提升攻击！然后使用十字剪！”
“电击兽！让卡兹道馆的家伙见识你的强大！最大功率雷电拳！”
“嗷！”“嘎！”飞天螳螂和电击兽也杀红了眼，纷纷拿出最强的招数，大有你死我活的架势。
“大嘴娃！用铁头槌攻击飞天螳螂！”“战车！用合金爪！”
“找死！”2卡兹和亚当没想到会有人想阻止他们的战斗，虽然他们使用的这两只神奇宝贝他们都没见过，但这并不妨碍他们要教训小智他们的想法。
“飞天螳螂！先对付它们！再来和亚斯的电击兽一决高下！”“电击兽！先把碍事的家伙除掉！”
原本飞天螳螂和电击兽用来对付对方的招式现在转头对向大嘴娃和战车，虽然将大嘴娃和战车打退，但它们也不好受。
“早点结束这无聊的纷争吧，小智！用我们新学会的那招！”
“好咧！”
只见小修和小智同时伸手，不过小修伸的是右手，小智是左手，“以赐予之名！吾赐予大嘴娃/战车再度进化的能力！超越进化！大嘴娃/战车！进化！”2
小修和小智伸出的手掌突然发出了彩色的光芒，并且光芒还分成好几道进入了大嘴娃和战车，然后大嘴娃和战车的样子开始改变，光芒散去，大嘴娃和波士可多拉登场。
“这，这是什么！”2卡兹和亚斯被这两只神奇宝贝的突然进化给吓了一跳，但他们很快就调整好心态，“飞天螳螂！使用旋风刀！”“电击兽！使用打雷！”
“大嘴娃！使用妖精之风！”“战车！光栅加农炮！”
这两只神奇宝贝的实力确实不错，但在大嘴娃和战车面前，还是弱了点，瞬间秒杀。
在击败卡兹和亚斯后，一个蒙面怪人，其实是联盟派来的道馆评定员乔伊正式登场，经过一番说教，一切也终于落下帷幕。