因为被那个什么雷纳德搅局，满充与杜鹃之间的胜负无法决定，不过小修决定再给他们上一个月的课，因为那家伙说要找他报仇，谁知道他要什么时候过来，万一他过来了，没看到他，会不会一怒之下毁灭卡那兹市，所以他决定暂时停留在卡那兹市。
因为小修要逗留在卡那兹市好长一段时间，为此我们将镜头转向在城都地区旅行的小智他们。
小修之前在卡那兹市上课的那五天，小智他们一路遇到了不少的人和事。先是与一个名叫奈奈的新人训练家成为了朋友，之后再赫拉克罗斯之森收服了赫拉克罗斯，塞蕾娜在鹿角镇收服了一只惊角鹿；之后在旅行中小智收服了那只好胜的菊草叶，火箭队的武藏则收服了她的好朋友幸福蛋，虽说是因为小智的原因导致他们的关系暴露的；来到桔梗市的时候，经过一所学校，帮助一个孩子开导心灵，并使他得到一只喇叭芽，顺便挑战了桔梗道馆，然后离开；塞蕾娜在旅行中帮忙照顾了一只爱哭鬼玛力露，她的波克基古还与一只尾立成为了好朋友，之后来到喷火龙山谷，小智发现这里的喷火龙都很厉害，于是把他的喷火龙留在这里特训。
他们继续旅行，来到了阳光镇，帮助前刹解决了她的向日花怪的心情问题；离开后来到了一个大草原，因为一只走路草希望可以向那些毽子草一样飞行，一直在努力学飞，但怎么也学不会，不过后来那孩子找到了自己的意义，也就不再纠结了；之后他们在路上天蝎和天蝎人，差点没犯尴尬症，不过确实是好人，而且最终他的女儿愿意继承他的名号，成为天蝎少女，当然这也是在塞蕾娜和小慧的忽悠下；之后他们遇到了一只很有实力的巨钳螳螂的偷袭，不过这种程度的偷袭根本上不了他们，反而是他们给了对方迎头痛击，顺便教育了一个名叫新吾的小鬼；之后小智收服到了一只很有潜力的火球鼠，塞蕾娜在桧皮镇收服到了一只榛果球。打败了阿笔后，之后在前往满金市的路上，小智收服了戴鲁比闪光猫头夜鹰，塞蕾娜收服了原本应该是小智收服的小锯鳄。
有惊无险的穿过圈圈熊森林后，小智和塞蕾娜继续旅行。
“啊好困啊”塞蕾娜打哈欠说。
“确实啊，这些圈圈熊这么紧追不舍，搞得我一晚上都不能好好睡呢。啊”小智也跟着打哈欠说。
“你只是没睡好，我是根本没睡，圈圈熊内心的声音真的太杂吵了，我压根睡不着”说着塞蕾娜都快倒下了。
“塞蕾娜！”小智赶紧扶住塞蕾娜，问：“要不我背你？”
塞蕾娜点头，小智将塞蕾娜背起来继续赶路。走着走着，塞蕾娜睡着了，小智也就放心了，这时遇到了一位女训练家，女训练家看到小智背着塞蕾娜，走上前问：“这是你女朋友吗？你对她很好呢。”
小智脸红了，想解释，但又不知该怎么解释。
“诶看来还是对很害羞的情侣呢？莫非是女追男？”
“那个那个那个”“好了好了，就不调侃你了，你是宝可梦训练家吧，跟我来一场对战吧。”
“好哇！”对战是小智最喜欢的了，他从不拒绝任何人的对战。
“嘻嘻，那就来吧，不过我介意你先放下她，不然不好指挥吧。”
“好吧。”小智将塞蕾娜轻轻地放在旁边的草地上，拿下她的帽子，脱下上衣给她盖上，然后再和这位女训练家战斗。
“我是真新镇的小智！”“小凌，请多指教。”
战斗没过一会就结束了，小智整场都是用自己最近才收服的宝可梦，然后派甲贺忍蛙最后出战，轻松打赢了小凌。
“啊啊你好强啊，跟你打完全没有胜算。”小凌说。
“嘻嘻，那是自然，我可是要成为精灵掌门人！没有这点实力怎么行呢？”
“是吗？那你加油哦。”
“哈啊”此时塞蕾娜也醒了过来，看到小智正在和一位陌生人聊得很开心，而且对方还是美女，有些小小的吃醋，不过看到小智把自己的上衣脱下来给她盖上，很快就不吃醋了，走上前问：“小智，她是？”
“你醒了塞蕾娜，她是”“我叫小凌，请多指教。”小凌没等小智介绍，自己上前和塞蕾娜握手介绍说。
“我是来自卡洛斯地区的塞蕾娜，请多指教。”
“卡洛斯地区？你来自那么远的地方的啊，对了，要不要一起吃点东西，我对自己的手艺还挺有自信的。”
“让我也来吧，小智他的饭量可是很大的。”
“好哇。”
三人愉快的吃了顿美味的午餐，小凌说：“今天大家的宝可梦都很累了，我们去绿地镇的宝可梦中心休息一下吧。”
“绿地镇？”塞蕾娜拿起地图观看，找到了绿地镇的介绍：“绿地镇，又名‘绿色原野’，是个绿意盎然的地方，吹拂过那个地方的风，能安抚人类和宝可梦的心灵。在城都地区女生最想去的地方里名列第一，在最适合情侣约会的地方里也是排名前三”塞蕾娜看到后面还写着这个内容，脸一下子红了起来，小智一听到“最适合情侣约会的地方”立马脸红起来，小凌看到他们二人这种反应，调侃说：“啊啦啊啦你们这对小情侣怎么一听到这个就脸红了呢？莫非你们到现在都还没过？”
二人的脸更红了，还冒蒸汽了。
“不是吧！你们真的还没啊！为什么呢？”
他们没有解释，小凌也不再追问下去，说：“正好我也想去绿地镇，一起去吧。”
二人点头。
一路上，小智他们一直低着头，一言不发，小凌以为是她刚才调侃太过了，使他们现在害羞到不敢抬头，连忙道歉说：“抱歉抱歉，我刚才不是有意”
“好奇怪？”“诶！”小凌不理解塞蕾娜说的好奇怪的意思。
“我在前方听到了一个人在哭。”“哭？我什么也没听到啊？”小凌竖起耳朵仔细倾听，但什么也听不到。
“不对，是心灵在哭，她很寂寞，很孤单，现在那股声音越来越小了，就好像她给她的心灵设下了重重的屏障！照这样下去！那个孩子将永远都沉浸在她的世界里！”
“前方有股巨大的波导，很奇怪？像是连在一起的锁链？”小智说。
“就是那个！快去看看！”“你们等等我啊！”小凌虽然听不懂怎么回事，但她能听得出前面发生了很不好的事，连忙跟上去看看。
越过一道山丘，众人看到不是美丽的绿色草原镇，而是冰冷的结晶城，水晶以肉眼可见的速度正在不断地向外扩张，覆盖，照这样下去，这座城镇将会被毁灭，连同周围的城镇也会遭到同样的灾难的！
“这到底是怎么回事！”“这股奇怪的能量是怎么回事！和赐予之力有点像！”“确实，但又完全不一样！这里到底发生了什么！”
小智他们看到有很多人赶往宝可梦中心，看来是打算在那里商讨这里所发生的一切。小智他们也前往宝可梦中心，看到了几个熟悉的人。“老妈！大木博士！还有小建！你们怎么都来了！”小建他们也是最近才认识的，第一次见面的时候是和大木博士通话的时候，他说自己来自橘子群岛，因为久仰大木博士，于是来到他的研究所当助手，因为很多时候不是大木博士接电话，而是小建负责接听，久而久之也就熟了。
“朋友的女儿出事了，我能不来吗？而且那个孩子说起来还是你妹妹呢！”花子说。
“妹妹！小智你也有妹妹！是谁啊？”塞蕾娜惊讶地问。
“她叫小美，是秀力叔叔的女儿，我跟她第一次见面的时候，她才刚满1岁，最后一次见面是6年前，后来就再也没见到她了，你说的那个孤寂的声音估计就是她了。”小智说。
“这样啊。大木博士，你知道这里到底发生了什么吗？”塞蕾娜问。
“目前尚不清楚，总之你们先去休息一下，等我们有结果了再说。”大木博士说。
“正好，我想和小智塞蕾娜好好聊聊，顺便问问你们打算什么时候结婚？”
小智和塞蕾娜一下子就脸红了，“老妈（花子阿姨）”
四人找了张桌子坐了下来，花子跟塞蕾娜和小凌说：“秀力史诺顿年轻的时候来大木博士这边学习过，当时的我和你爸爸帮他做过功课，后来他就来真新镇玩过好几次，6年前也来过，就是带小美过来的时候。”
“可为什么这张照片中没有小智的父亲呢？”小凌问。
“孩子他爸在小智还不到1岁的时候突然离开，说有很重要的事，到现在我都不知道那是什么事，重要到他必须抛下我们母子，不过我相信他会回来的，而且小智也说过他会帮我狠狠的教训他。”
“这样啊”就在这时，除了小凌，其他人都感觉到有什么东西在高速接近他们。
“奇怪？有什么奇怪的家伙在接近我们，速度很快，和皮卡丘平时的速度没差。”“不是真正的生命，我听不到它内心的声音。”
这是那个奇怪的家伙也出现在他们的面前，竟然是炎帝！
“这是什么宝可梦！”小凌说。
“是一只披着炎帝外表的冒牌货！”小智非常肯定地说。
“你来这里做什么！”塞蕾娜问。
炎帝无视其他人，看向花子说：“你是妈妈。”
“纳尼？”4
“你是妈妈！”炎帝突然大喊，花子拍了下脸颊说：“如果我连这么低劣的催眠术都能中招，那我早就被人控制不知多少回了。”
“怎么会这样！不管了！为了小美！我一定要带你走！”炎帝看到催眠术无效，打算用强抢的方式把花子带走。
“小美！好吧，我跟你走。”花子说。
“上来。”炎帝看到花子主动跟她走，示意让花子坐在它背上，花子照做，小智担心地问：“妈妈？你真的要跟它走？会不会太危险了？”
“别担心，你忘了我是谁，我可是地王哦。”说完炎帝带花子前往水晶塔了。
看到花子和炎帝走了，小凌问：“你不担心你妈妈吗？”
“与其说我担心老妈会不会出事。”“我觉得我们应该先担心的是花子阿姨会不会一怒之下一拳把这里夷为平地。”
“纳尼！”
“小智！这里发生了什么事！”大木博士他们闻声赶来，问这里发生的情况。
小凌将这里发生的情况一五一十地说出来。
“纳尼！小智！你犯了件大错！”“怎么了？”
“我们刚才分析的结果出来了！这些水晶是未知图腾的杰作！”
“是的！那也是我们正在研究的项目！”秀力的助手约翰说：“未知图腾拥有着到目前为止仍然无法解释的神秘力量，博士和我希望能揭开未知图腾神秘的面纱，结果秀力博士突然就消失了！我将从遗迹中找到的东西带回他的府邸，结果没想到那些竟然是未知图腾！这些未知图腾可能是感觉到了小美孤寂的内心，于是将她内心的孤寂化作水晶具现化，就连那个炎帝也是如此！炎帝离开小美太远的话，无法发挥出正常的能力，一旦它回到城堡，就算你母亲在怎么厉害！也一定会被控制的！”
“老妈”