虽然出了点小问题，但是小胜还是赢得比赛，得到徽章。
离开钢铁市，一行人很想前往百代市，但是如果他们前往百代市的话，他们就来不及参加白杨大会，所以百代市的百代道馆只能等到挑战完白杨大会后再去挑战，道馆又跑不了，随时可以去挑战。
在前往白杨镇的路上，小光收服了帕奇利兹，虽然这只帕奇利兹性格有点小问题，但晓光认为自己有办法改正帕奇利兹的性格，看起来有很长一段路要走；之后一行人来到一座森林，这座森林有一直大钢蛇不知为何失控，小胜和米拉特打败了大钢蛇，米拉特还将它收服，还大牙狸的村子的和平；一行人来到苑之镇，以盛产蜂蜜和无处不在的飘香花海而著称的小镇，正好花店花花世界的主人小蕾在开办“宝芬制作教室”，小修他们觉得非常有趣，便跑去一起参加。所谓的宝芬就是用树果所制作的宝可梦点心，让以参加华丽大赛为目标的宝可梦们吃下的话，就会产生不同的效果。
听上去和宝可方块差不多，但又有些不同，这让塞蕾娜他们更加有兴趣了，大家开始挑战制作宝芬，为了不出糗，小智让小慧来做，三个人做出了宝芬以外的其他东西，小修做出的是水果沙拉，塞蕾娜是水果拼盘，小慧干脆做出水果塔，还要比较谁做的更好吃，众人一阵无语。
之后他们来到百代市附近的一座小村庄，这座村庄的宝可梦中心是由乔伊小姐一家人所管理，虽然规模不大却有著开朗快乐气氛，乔伊小姐有两个女儿，是对姐妹，姐姐名叫小舞u002612539；弗朗索瓦u002612539；乔伊，妹妹名叫沙耶香u002612539；弗朗索瓦u002612539；乔伊，众人这时才明白乔伊不过是个姓氏，而且乔伊小姐原来是有属于自己的名字的，小修以前还以为乔伊小姐只有编号呢，当然这种失礼的想法被她们注意到了。
正好乔伊小姐的丈夫卡佐便当忘记带了，小舞主动请缨，给她爸爸送便当，带着她的漂浮气球去发电厂找父亲，此时正好暴风雨来袭，沙耶香不巧合漂浮气球一起被大风卷走，小智赶紧将那个孩子救回来，但他低估了大风，不小心被小屋的漂浮气球缠上，一块被吹走了，小修倒是不担心他们的安危，现在主要担心的是突如其来的停电，因该是大风把发电厂的某些设备吹坏了吧，为了确认发电厂的情况，众人乘车来到发电厂，一看才知道大风吹倒了一颗大树，大树将电线撞断，现在卡佐在全力抢修中，米拉特留在这里帮忙维修，其他人则去找沙耶香，至于小智，反正他打不死的，不用在意，没准还会带沙耶香回来，结果如小修所料，小智骑着水君带着沙耶香回来了，虽然众人很想吐槽这水君是怎么回让小
之后一行人来到百代森林，遇到了芽米，小修认识她，在游戏中，她是搭档训练家，当然这里是现实，就算和她搭讪，对方也未必会跟着他们，众人看到她把甜甜蜜涂在树干上，吸引了不少野生宝可梦，但她并没有将它们抓起来，应该是为了寻找某只宝可梦，上前一问才知道她想收服结草儿。
她是寻宝者家族的后裔，想寻找可怕的“甜蜜”来使她去世的爷爷的收藏完整，但她需要绅士蛾来找出甜蜜，不过她宁愿自己收服和训练雄性的结草儿，所以来到百代森林来寻找雄性的结草儿，让它进化成绅士蛾。她似乎是个新手训练家，对收服神奇宝贝略知一二。芽米是个迷信的少女，对她爷爷的名言有坚定的信念。
她之前已经收服了三只结草儿，但因为都是雌性，结果进化成了三种不同风格的结草贵妇，小修看不下去了，教她如何辨认结草儿的性别差异，终于让她成功收复了一只雄性结草儿，并让它进化成绅士蛾，圆了芽米的心愿。
之后一行人终于来到百代市，不过却在百代市见到了一个意想不到的人。
“科拿小姐？你怎么会在这里！”众人进入百代市，在宝可梦中心见到科拿小姐，感到非常意外，她竟然会出现在这里，众人可不觉得这是偶然。
“啊！诶啊喏你们叫什么来着？”科拿小姐问。
众人扑街，小修黑线说：“您还是换成战斗冰状态吧，不然没法沟通了。”
“哦，好吧，这是你们的新伙伴吗？你好，我是科拿。”科拿（冰）说。
“我叫小光！请多指教！”小光非常快速的说。不过也是，科拿小姐可是打败了龙使者渡的超强存在，虽然她没有打算成为冠军，但不可否认，如果有人想当关都或城都的冠军，就必须打败她！
“我叫米拉特。”和小光的紧张不同，米拉特看起来非常冷静，就好像他面对的不是什么高手，而是一个普通人。
“我叫小胜！请多多指教！”小胜则是非常激动，他非常崇拜强大的训练家，梦想是成为超越他父亲的道馆馆主，所以只要是厉害的训练家，他见到一个就会情绪激动起来。
“你们好，好可爱的小孩子，抱一个。”科拿突然换回天然水状态，一把抱住小胜和米拉特，把他们埋在她那伟岸的胸怀，小胜和米拉特根本无法反抗，晕了过去。
小光和塞蕾娜仿佛胸口受到沉重一击，捂住胸口半跪在地上，小智担心地问：“塞蕾娜你怎么了！没事吧！”
“不行啊”“诶？”
“就算以后发育起来也不可能像她这样这么大啊”2
“行了，塞蕾娜你以后让小智多揉揉就可以变大了，倒是科拿小姐，你赶紧说明您来找我们的目的吧。”小修说。
“等等！揉揉就可以变大？你该不会是打算让我”
“我不认为你只是正好来到这里，看你的样子就知道你来这里好几天了。”
“喂！别无视我啊！”
“而且在和我们见面之前，我能看得出来，你一直维持着战斗冰状态，直到见到我们才变回天然水，不是吗？”
“所以说别无视我啊”小智忍无可忍了，抓住小修的衣领说。
“我来请你们帮我找回我的蛋。”科拿虽然还处在天然水状态，但还是说出她的目的了。
“啊！”5
“蛋？是宝可梦蛋吗？”小智问。
“不然难道是蛋蛋吗？”科拿看着小智的下半身问。
小智捂住下半身，害羞的躲在小修身后，小修问：“你的宝可梦蛋丢了，为什么找我们帮忙？这种事交给君莎就行了，莫非这个蛋很重要？”
“不是我的蛋，但很重要。”
“不是你的蛋？”塞蕾娜懵了，既然不是她的蛋，那又是谁的蛋？
“蛋很重要，需要有人帮忙孵化，但我不能孵蛋。”
“科拿小姐，人类本来就没法孵蛋。”小修吐槽说。
“但我需要蛋。”
众人被科拿小姐的逻辑稍微搞晕了，小智问：“那个蛋到底是谁的蛋？”
“大海的蛋。”
“你朋友？”小遥问。
“算是吧，蛋很重要，必须找回来。”
“好吧，不介意我用超能力看看那个蛋长什么样吧？”小修问。
“我也不知道蛋长什么样。”
“你整我的吧科拿小姐！”小修真的快发飙了，他不停地告诉自己要冷静，这个时候绝对要冷静，必须冷静，不然体内的本能暴走，谁知道会发生什么事！
“那您知道什么线索吗？比如说蛋可能孵化出什么宝可梦？”塞蕾娜问。
“王子。”
“王子！”3
科拿小姐这么一说，他们不禁联想到了那只宝可梦。
“苍海王子玛纳霏！”3
“就是玛纳霏。”
三人吐血倒地，你就不能直接说是玛纳霏吗！
“玛纳霏是苍海王子，每个一千年重生一只全新的玛纳霏，而它马上就要出生了，不过有个问题，需要找到海之圣女。”
“海之圣女！不会指的是芙芦拉吧？”
“你指的是召唤洛奇亚的圣女，我指的是海之圣女，是拥有海之国王族血统的女子，当然，王族血统流落到现在，已经非常稀薄了，但我能感应的到，这个世界上有一个孩子的王族血统返祖了，那个人”科拿指着小遥说：“就是你，少女。”
“诶？我！”小遥非常惊讶，自己竟然是王族后裔！还是什么圣女，这有些
“小遥姐姐好厉害！”小光眼神充满了崇拜的说。
“没什么厉害的啦。”小遥不好意思的说。
（莫非剧场版中玛纳霏会在小遥手里孵出来也是这层原因？算了，虽然大概已经猜到上哪找玛纳霏，但不能向科拿小姐暴露自己是穿越者这件事，该怎么办呢？）“科拿小姐，你知道玛纳霏现在在谁的手上？”
“不知道，不过我知道玛纳霏注定会和水有关的在一起。”说完科拿控制花瓶里的水，包围在身边，然后迅速蒸发成水蒸气，然后她就不见了，周围的人看着都很惊讶，不过小修他们知道这是怎么回事，海蒂奶奶向他们演示过这招，名为海市蜃楼，只要水足够多，她甚至可以将一整座城市彻底隐身，当然了，对他们的能力没用，海蒂奶奶她也说了，她这招是以前无聊学着玩的。
“说是跟水有关，上哪找啊？”小智问。
“上网不就行了。”米拉特说。
“哇！米拉特原来你是醒着的呀！”小修吓一跳的说。
“我早就醒了混蛋！”米拉特说：“听好了！说到水，你们能想到什么？”
“大海。”小智说。
“海之遗民。”塞蕾娜说。
小修稍微思考了一下，说：“科拿小姐说跟水有关，我觉得没那么简单，应该是，水中宝可梦。”
“我觉得你们应该选择马戏团。”米拉特拿出他的笔记本电脑，上网搜索了“水中宝可梦”和“马戏团”这两个关键字，搜索到了小码头马戏团，说：“小码头马戏团，以表演水中神奇宝贝秀而闻名，经常在海上到处流浪，目前他们的表演地点在丰缘的一处荒漠表演，我们去找他们吧。”
“厉害啊米拉特！”小光佩服说。
“就是不知道该怎么迅速过去，等等，玛纳霏的话，我可以尝试一下。”小修突然想到一个方法，然后使出瞬间移动，带他们离开了。