经过一个月的赶路和训练，三人终于来到米季纳，不过小修是被小智背到米季纳的，这一个月，他在忙着监督每个宝可梦的训练，单独训练你的宝可梦交给小智和塞蕾娜负责，训练方案他也早就准备好了，这种训练方案很简单，就是对战，但不是一般的对战，是混战，在混战中找到自己针对的对手，然后打败它，但是本身又会被其他宝可梦针对，所以要赶在其他宝可梦打败自己之前打败自己的目标，到最后，完成标准的竟然只有皮卡丘小蜻和翠蝶，其他宝可梦都失败了。
另一边，这一个月的训练中脱颖而出的有菊草叶火岩鼠蓝舞娃娃幻羽大比鸟百花利欧路闪光猫头夜鹰银月小小闪光拉普拉斯闪光袋龙泳圈鼬镰刀小菊化石翼龙臭臭泥粉护士巨钳蟹赫拉特罗斯。银月和小小虽然不能分开，但是它们的双打对战非常完美，训练过程中也是完美完成，看来只要未来它们克服不能分开的缺点，它们绝对会变的很强。
因为要同时监督那么多的宝可梦的训练过程，小修的精神里消耗的差不多了，虽然还没精神力透支。
“我说，你睡够了吧？你又不是精神力透支，不用睡那么久吧？”小智问。
“嗯再让我睡一会”小修说。
“我们已经到米季纳了，该醒来了。”
“嗯？终于到了？”小修睁开眼睛，看了看周围的景色，说：“和我想象中的不太一样，或者说和我记忆的不太一样，好在的是那边的遗迹告诉我这里就是米季纳。”
小修看向镇子中心的米季纳遗迹，确认里面有两个人，其中一个拥有和塞蕾娜一样的超克之力，就更加确信了。
“咦？这里有人拥有着和我一样的超克之力，说起来我记得梦幻曾说过让我到米季纳看看，原来是这么回事。”塞蕾娜说。
“走，去看看吧。”
来到一个湖泊，正好感应到帝牙卢卡和帕鲁奇亚的波导，帝牙卢卡率先出现，看到小修他们说：（好久不……）帝牙卢卡话还没说完，骑拉帝纳就从小修的球跑出来，大喊：（该算算我们之间的账了！帝牙！）
（我靠！为什么你会在这里！）
（帝牙！我来救你！）帕鲁奇亚赶紧跑出来说。
（你们两个都在正好！省的我去找了！全都去死吧！）
“给我住手！”塞蕾娜身上突然散发出一种威慑的气场，将时空三神定在那。
“骑拉帝纳，你难道没听到梦幻对小修说的那些吗？让帝牙卢卡和帕鲁奇亚产生误会的源头是阿尔宙斯！一切的错都是它的错！你怎么还要找它们算账？”塞蕾娜问。
（但是我的空间就是因为它们的原因才会出现那么多的毒雾！你敢说这不是它们的错！）骑拉帝纳说。它就是气不过，这两个家伙擅自打起来，然后又擅自结束，它们打爽了，它就惨了，必须得修复反转世界，它辛辛苦苦的维持，这两个混蛋轻而易举的破坏掉，它已经气到真的想宰了它们了。
“冷静一点，小智，塞蕾娜，你们两个将它们收服吧，省得以后它再瞎嚷嚷。”小修说。
（人类，你当我们是哑巴吗？我们不过不吭声，你就擅作主张决定我们今后的生活，啥意思？）帝牙卢卡问。
（看来必须得教训一下这个嚣张的人类了。）帕鲁奇亚说。
（哦？是吗？那么试着过我们这关吧。）凤王它们从球出来，挡在小修面前说。
（要打吗？谁怕谁！）
神兽大战一触即发，这是一名少女突然跑过来大喊：“不要打！大家都快住手！”
大家的目光纷纷转向那个少女，小修认出来了，她就是剧场版《阿尔宙斯超克的时空》的关键人物之一，希娜，也就是那个拥有超克之力的人。
“允吾超克此时空之理！”希娜使出超克之力，希望可以抚平这些神兽的怒火，但她却无意间进入另一个人的心灵。
（这是……你拥有和我一样的能力！你是我的族人吗？）希娜问。
（不是，我不是你的族人，我叫塞蕾娜，我的超克之力是阿尔宙斯赋予我的。）
（纳尼！这怎么可能！）
（我知道一时间很难以置信，但我说的是事实，另外，我体内不止超克之力，你应该能感应到。）
（真的！太神奇了！你是怎么做到的？）
（说来话长，先离开这个心灵世界吧。）
两人意识回到现实，希娜激动地握住塞蕾娜的手，说：“我的名字是希娜！我像个你学习超克之力的用法！可以吗？”
“我叫塞蕾娜，我可以教你我会的超克之力的用法，当然，你也得教我你会的。”
“我只会一招心灵感应，而且只要宝可梦的怒火太过强大，那么我就无法抚平。”
“这个我也一样，没事，努力练习就可以了。”
希娜带他们来到米季纳遗迹内部，认识了她的男朋友克宾，克宾和她一起守护米季纳遗迹，同时用时空仪监督空间的变化，并且向他们解释五千年发生的让阿尔宙斯感到愤怒的事。
“原来如此，也就是说，是因为你的祖先达摩斯违背约定，不肯将生命宝珠，也就是阿尔宙斯用地面水草雷电龙五中属性做成的那个珠子，导致现在阿尔宙斯想要毁灭世界，和我们知道的基本一样。”小修说。
“你们从哪知道的？”克宾问。
“梦幻告诉我们的。”小智说。
“传说中的宝可梦梦幻？原来如此。”希娜说。
希娜走到一个台子上，将生命宝珠拿下来说：“你们看，这就是生命宝珠，接下来阿尔宙斯将会出现，只要将这个还给它，阿尔宙斯的怒火就会得到平息。”
“不好意思，希娜小姐，你没感应到吗？这枚珠子上面几乎没有任何能量。”塞蕾娜说。
“没有任何能量？这话的意思莫非……”
“很遗憾，这是个赝品，看来我们注定要遭到阿尔宙斯的怒火了。”小修说。
“这不可能！如果这是假的！那么真的又在哪？”
很快，时空仪发生了变化，而这个变化意味着……
“不好！阿尔宙斯出现了！怎么办？我们没有真的生命宝珠可以抚平它的怒火！这该怎么办？”希娜已经开始不知所措了。
“希娜小姐，这里有我们顶住，你和克宾先生赶紧去找生命宝珠！它一定还在这个遗迹里！”小修说。
“真的吗？”
“这个时候只有赌一赌了！总之阿尔宙斯那边！我们会想办法打败它的！”小智说。
五人开始分头行动，神兽们早已在外面等候多时了，凤王说：（梦幻说了，阿尔宙斯现在无法免疫地面水草雷电龙这五种属性，也是我们唯一有可能打败的机会，大家有信心吗？）
（没信心也得有信心，唉真的没想到，我们竟然还有和阿尔宙斯大战的时候。）洛奇亚说。
（这要是赢了，那么你觉得后世人类会怎么歌颂我们呢？）固拉多问。
（可不是所有的人类都会赞美我们，别忘了，人类当中也是有着邪恶之辈。）盖欧卡说。
（但是并不代表我们可以将人类灭绝。）帕鲁奇亚说。
（没错，人类当中也是有着好人的，如果因为人类一时犯下的过错，就要将所有的人类消灭，这是不对的。）帝牙卢卡说。
（我和几个人类成为了好朋友，其中一个人类是坏人，但是他后来变成了好人，他的转变，让我明白人类懂得知错能改，或许不是全部，但是这足以说明人类还没坏到必须毁灭。）骑拉帝纳说。
“所以人类的未来必须得有我们来守护了，我们就是第一道防线！”小修说。
这个时候，阿尔宙斯打开通道，出现在他们面前，看它那冷漠的红色眼镜，就知道它绝对不记得他们了，小修说：“阿尔宙斯，我知道你要消化分身的记忆还要点时间，但我相信你一定还记得我们！”
（人类，我不记得你们，让开，我要让人类品尝他们自己的恶果！）
“不好意思，如果你执意要这么做，那么我们就要阻止你！”小智说。
（反抗我吗？好哇！让我看看，区区人类！能够做到什么程度！）
阿尔宙斯身上出现一块石板，从颜色上来看，应该是恶系，阿尔宙斯使出制裁光砾恶系攻击他们，小修使用防护罩抵挡，但是他的防护罩根本挡不住阿尔宙斯的攻击，凤王它们使用保护将他们保护起来。
（凤王洛奇亚固拉多盖欧卡帕鲁奇亚帝牙卢卡骑拉帝纳，你们是打算站在人类这边，为他们而战吗？）阿尔宙斯问。
固拉多和盖欧卡进入原始回归状态，七只神兽异口同声的说：（那还用说！）
（另外还有两只神兽，知道自己实力弱小，没有出来，明智之举。）阿尔宙斯说。
“不，你误会了，阿尔宙斯，它们不适合对付你，所以它们有别的事情要做。”小智说。
塞蕾娜放出拉帝亚斯和拉帝欧斯，小智和塞雷娜与他们合体，阿尔宙斯说：（赐予之力！你们竟然有这股力量！看来必须消灭你们了。）
“小修，我们要出发了，帝牙卢卡，麻烦了，送我们回到过去！”小智说。
（你们想改变历史吗？）帝牙卢卡问。
“没事，这种事我们很早以前就做过了。”小修和帝牙卢卡合体，变成了一个看起来就像一个穿着古代盔甲的骑士，小修说：“我负责在这里保护这个时空的安全，改变过去，拯救未来的工作就交给你们了。”
“放心吧！不过一定要合体吗？”塞蕾娜问。
“这次要回到的可是五千年前，谁知道会遭遇什么？而且合体的话，就能尽量不暴露自己的真实身份，当然，对阿尔宙斯来说没差，但是对过去的人就不一样了，明白了吗？”
（我说，当着我的面说要改变过去，你们人类还真不是一般的狂妄呢。）阿尔宙斯非常生气，这几个人类是在小看它吗！
“我们可没有小看你，阿尔宙斯，不然我们就不会合体了。”小修打开时空隧道，说：“还不快进去！”
小智和塞蕾娜钻进隧道，阿尔宙斯欲上前阻止，但被帕鲁奇亚拦下，帕鲁奇亚说：（其实我们很早以前就像挑战你了，不开玩笑的，阿尔宙斯。）
（真以为你们打得过我吗？好吧！我让你们见识一下！我和你们的差距！）