镜头再次转向现在，七只神兽拼尽全力，终于将阿尔宙斯的分身打倒，但小修和阿尔宙斯的本体的战斗还没结束。
小修现在用的是皮卡丘的形态，手持一把野太刀和一把短刀，和阿尔宙斯近身对战，不停寻找机会攻击，但是阿尔宙斯总是能躲开攻击，当然阿尔宙斯也没有打中小修，两人已经僵持很久了，小修已经开始喘气，但阿尔宙斯连汗都没流一滴。
“你已经输了，我的体力远比你想想的还要更多，如果你觉得你可以跟我比消耗，那么你大错特错。”阿尔宙斯说。
“哈哈哈你说的没错，早这么继续消耗下去，输的人必定是我，但是你凭什么觉得我会光明正大的和你对战呢？”话音刚落，神兽们同时发动攻击，确保阿尔宙斯无法抵挡。
阿尔宙斯迅速收回它的石板，使出保护接下所有的攻击，说：“看来你们是逼我宰了你们呢。”
“阿尔宙斯！”希娜这时候突然跑过来，并带来一根手杖，说：“非常对不起！阿尔宙斯！他们其实是为了拖延时间才和您对战的！我以前一直以为生命宝珠在我们祖先的手上！但我们错了！那是赝品！为了找到真正的生命宝珠！防止您毁灭人类！为我们寻找真正的生命宝珠争取时间！现在我们终于找到了！你看！”希娜打开手杖上的机关，真正的生命宝珠横空出世，阿尔宙斯缓缓走向希娜，拿走生命宝珠，生命宝珠变成五块石板回到它的身体里，希娜很高兴，她以为这样阿尔宙斯的愤怒就能得到平息，但很快她明白她太天真了。
“人类，你的眼神，和那个达摩斯一模一样，我曾经，因为信任这个眼神，将我的力量借给那个人，但是他背叛了我的信任，现在，时隔五千年，再次看到这双眼神，反而让我觉得作恶！”阿尔宙斯突然变回原样，使出制裁光砾，攻击希娜和克宾，小修及时救下他们，问：“阿尔宙斯！快停手！你还想毁灭人类吗！”
（人类不过是说一套做一套的恶心生物！他们必须被毁灭！）
（不行了，阿尔宙斯早已被怒火填满了内心，现在的它，还拿回所有的力量，已经，无法阻止了。）凤王心灰意冷的说。没有拿回完整力量的阿尔宙斯就已经够它们受的了，现在阿尔宙斯的力量完整了，他们绝无胜算。
“不好意思！我们回来了！”小智和塞蕾娜终于回来了，他们刚回来，就解除合体形态，小智大喊：“阿尔宙斯！停手吧！过去已经改变了！你好好回想起来我们在过去做的事吧！”
阿尔宙斯听到小智的声音，真的停了下来，顿时脑海中出现分身和改变过去得到的记忆
镜头再次转回过去，小智他们得知事情的真相，小智决定跑去跟阿尔宙斯说明一切，塞蕾娜负责把真正的生命宝珠找回来，让达摩斯亲自还给阿尔宙斯。
月食开始，阿尔宙斯如约出现，小智立马用波导跟它对话：（阿尔宙斯！听得见我的声音吗？）
（超大声的，安静一点。）阿尔宙斯说。
（我知道事情的真相了！达摩斯没有背叛你！历史未改变之前！你见到的达摩斯是被催眠的！真正的幕后凶手是一个叫奇辛的家伙！）
（是真的吗？那个人没有背叛我！）这是阿尔宙斯听到的最令它高兴的消息了，因为太过高兴，它连踏入对方的陷阱都不知道。
上方突然出现大量的宝可梦，它们使出十万伏特攻击阿尔宙斯，阿尔宙斯一时没反应过来，中招了。
“阿尔宙斯！”小智抬头看向奇辛，问：“你想杀了阿尔宙斯吗？”
“没错！只有这样！这片土地才能不会再度变得荒芜！放银之水！”奇辛下达指令说。
小智不知道银之水是什么东西，但他可以肯定绝对不是什么好东西。
大量的银之水浇灌在阿尔宙斯身上，阿尔宙斯感觉自己就像被沉重的金属砸中，坠落在地上，正当它想飞起来的时候，银之水突然瞬间凝固，使它无法挣脱，宝可梦继续攻击，让阿尔宙斯非常痛苦。
（等我！阿尔宙斯！我去帮你把生命宝珠抢回来！）小智说。
（啊拜托了！未来的孩子！啊）
小智飞到奇辛面前，正好塞蕾娜他们也赶到这里，小智说：“马上交出生命宝珠！快点！”
“你不会希望我们使用暴力手段的。”塞蕾娜说。
“生命宝珠是这片土地未来的保障！我绝不会交给你们！席多蓝恩！喷射火焰！青铜钟！精神强念！”
面对他们的攻击，小智一招龙爪瞬间搞定，同时把宝可梦身上的盔甲卸掉，还它们自由。
塞蕾娜使出神速，从奇辛手里夺走生命宝珠，同时用超克之力变出绳索将他捆在柱子上。
塞蕾娜将生命宝珠交给达摩斯，说：“接下来，是你履行你的约定的时候了。”
“谢谢！”达摩斯使出超克之力，希望宝可梦能停止攻击阿尔宙斯，宝可梦们听从达摩斯的话，纷纷停下攻击，小智和塞蕾娜帮它们卸掉盔甲，同时达摩斯赶紧往下爬，要将生命宝珠还给阿尔宙斯。
银之水一直浇灌在阿尔宙斯身上，阿尔宙斯开始越来越虚弱，但是它能看到，它信任的那个人，正在向它敢来，前来履行他们之间的约定。
（我果然没有看错人，达摩斯，谢谢你，哪怕你没有及时赶到，我也不会有半句怨言的。）
“别给我这么快放弃！”小智和塞雷娜大喊道。他们抓住达摩斯的双臂，将达摩斯安全带到阿尔宙斯面前，达摩斯奉上生命宝珠，说：“对不起，让你受这么多的苦，阿尔宙斯，你的力量，该还给你了。”
生命宝珠变回五块石板，回到阿尔宙斯的身体里，阿尔宙斯立马恢复力量，挣脱银之水，带他们来到神殿外面，说：（谢谢你们了，达摩斯，未来来的孩子，说起来，你们两个还没自我介绍呢。）
小志他们解除合体做起自我介绍：“我是真新镇的小智，呃现在介绍自己的家乡会不会太早了？”
“我叫塞蕾娜。”
（小智，塞蕾娜，我记住你们了，以后我会报答你们的。）
“那个就不用了，真的！”小智说。
（对了，你们也该回到你们的时代了，快走吧，时空旅行所带来的变化可以很快，也可以很慢，赶紧回去，希望来得及。）阿尔宙斯为他们打开时间通道，送小智他们回到未来，到这，回忆结束。
阿尔宙斯看向小修他们，说：（谢谢你们阻止我，不然我真的会把人类给毁灭的。）
“不用谢，这是我们应该做的，倒是小修，和阿尔宙斯的对战如何？”小智问。
“让我更加明白自己的弱小，当然，我也没有真的用全力。”
（你用全力在我看来都一样，好了我该走了，这么一折腾，我都快累死了，回去好好睡个觉。）
“这次不会还要睡个五千年吧？”塞蕾娜问。
（不需要，睡个几天就够了，好了，再见啊）阿尔宙斯正打算离开的时候，突然从究极之洞出现，一把抱住阿尔宙斯，释放大量的堕赐予之力，强行和它合体。
“哈哈哈哈！阿尔宙斯！你知道我等这一刻等了多久了吗！你真的以为我是在冒险融合能量和能量吗？你错了！从以前开始！我的目标就是你！为了等到你虚弱！我等了不知多少年！现在终于让我等到了！变成我的一部分吧！阿尔宙斯！”（啊）
阿尔宙斯身上分出它人形的部分，剩下的部分和合体，变成了一个看起来就像穿着盔甲的女骑士，说：“接下来就是那项计划的实施了，我奉劝你们去选择和家人在一起吧，因为就凭现在的你们，已经无力阻止我了。”
“开什么玩笑！把阿尔宙斯还回来！”小智和皮卡丘合体，冲上去攻击，但是小智发现他的攻击无效。
“我说了，现在的你们已经无力阻止我了。”一个弹指将小智打回去，说：“这是我对你们的最后的仁慈了，滚吧。”说完离开了，只留下一行人无限的后悔。
“可恶！阿尔宙斯，对不起，因为我们，你”“没事，小智，的确夺走我大部分的力量，但是那并不代表你们没有打赢她的胜算。”
“这是什么意思？”小修不解地问。
“意思就是还有希望。我记得你们有一群什么怪物训练家的同伴，对吧？能把他们召集在一起吗？在夺走我的力量的时候，无意间让我得知她所有的计划，但我需要足够多优秀的人才在这里帮助我。”
“我明白了！我这就”小修正想把大家都带过来，小蓝已经将所有人都带过来，还顺便捎上艾莉丝和光一花子他们。
“艾莉丝！好久不见！”“老爸！老妈！你们也过来了！”
“当然了，这次真的可以说是大危机呢，而且需要神兽们的力量，不是吗？”艾莉丝问。
“这次事态紧急，所以我们过来帮忙了。”光一说。
“说真的，你现在这个样子也不错呢，阿尔宙斯。”花子调侃说。
“现在可不是调侃我的时候，听好了各位，的计划是创造新的世界。”
“新的世界？”
“慢着！莫非和以前的赤日那样！通过帕鲁奇亚和帝牙卢卡毁灭旧世界，创造新世界？”帕尔问。
“真要是那样还简单了，她要创造属于自己的一切，成为万物的主宰，就像我那样。为了这个目的，首先，她需要创世之力，一般情况下，她必须通过融合还有其它六大能力才能得到，失败的几率很大，但现在，她夺走我的力量，直接用我的创世之力来创造属于她的世界，也因此，接下来，她要做的就是创造属于自己的神兽，神兽的作用是用来支撑新世界，保护新世界的框架顺利建立，为此，她必须去一个地方。”
“那个地方莫非是神都遗迹！”小修说。
“你怎么知道的？”阿尔宙斯有些惊讶，那个地方几乎不会有人类知道的，竟然真的有人知道那个地方。
“如果是那个地方，那就大事不妙了！快带我们去！”
“我现在这个姿态也无法带你们过去。”
“那么请让我们读取你的记忆吧。”小蓝说。
“想的美，你们负责使用瞬间移动，我来负责目标地点，这种干涉手段我还是做得到的。”
“是吗？那么，试试看吧小蓝！”
“嗯！”
一行人就这样前往神都遗迹，不过事情并未就这样结束了，镜头再次转向五千年前