今天的天气好象是某种预兆，繁星满天的夜晚迎来的却是乌云密布的清晨，没有原来的阳光，阵阵微风显得多么寒冷，听不是鸟儿的叫声，时不时还阵阵雷声，而今天简也要离开这个避难所了，因为他今天要去克隆人的研究所工作了，以韩亦的身份去工作。就因为这样，简在外面卖了房子，也让琼斯修改了韩亦的居住地址，这才可以蒙骗过别人。简带上雨衣，向他新住址的地方去，他下午才真正上克隆人研究所工作。
比尔也随后出门了，乔逃出来这一事，比尔是脱不了关系的，但他必须保持好心态，他可以否认自己做过你任何事且不漏痕迹，但他唯一躲不过的是珍妮，如果她说出比而关掉了防御系统的话，比尔将是这一事件的罪魁祸首。
乔也易容成另一个人，他也开始自己的工作，他要去调查两个放派的俱乐部的幕后人员，因为昆是在克隆人俱乐部里找到简的，他也想知道昆是死了，还是艾森和马丁一样研制出了易容器。就凭乔的高智商和精神力，那军用检测仪根本对他毫无用处，但前提是他要帮凯文混进原人类的俱乐部，乔花了半个小时就做出了两个单式易容器，一个给了凯文一个给了琼斯，也就是想离开避难所的人，除了比尔之外，其他人都要以新身份出去。乔想用精神力改变原人类俱乐部对机械人的禁令，当然，乔是对凯文开放，然后凯文就可以在里面收集原人类的资料。
每个人都做自己的事去了，凯文在帮琼斯输完避难所的门上的指纹密码指令后也离去了，剩下琼斯一个人在避难所内。说是说大家是在同一线上的，但乔依然无法联通简，他也没联通琼斯，因为琼斯让他有种不信任的感觉，或是她是马丁的女儿，像马丁一样无法预测，或是她之前对本尊简做过的事。对于琼斯对简做过什么也只有她自己知道了，而乔则是通过简的言语和状态来推断出琼斯做的事，但乔的推断也不是毫无证据，就凭他的高智商，他可以肯定琼斯对简是爱之愈深恨之愈深。
几年前的事终究是过去了，琼斯或许改变了，但女人心海底针这句话不单是用于女人应对情感上的事。琼斯得到了自由进出避难所的权力，同时她也有了就的身份，当然，她也只有一个新身份，因为乔给她的只是单式易容器，这也是乔对她的防范，然琼斯并不知道乔对她的防范，她反而想去相信乔，这和她心中的秘密有关。她一直误以为是马丁杀死她妹妹的，只不过马丁拿起枪时恰好被她看到了，而这一切好像与她无关，她像是个旁观者一起，但害妮娜自杀的不止是因为妮娜看见马丁的计划，妮娜真正的死因是因为她，而琼斯直以为是马丁杀了妮娜的，她唯一能赎罪的就是为妮娜报仇，以减轻她的负罪感。而说到她父亲，就因为琼斯勿以为马丁杀了妮娜，让她让为马丁连自己女儿都能杀，他肯定也会为什么利益牺牲掉她的，又由于妮娜死后，琼斯就防着马丁，也因此没有解释的机会，才弄到如此地步，日复一日，琼斯也不认为马丁是她的父亲了。而琼斯选择相信乔的目的也是想杀了马丁，以便减轻她的负罪感。
简来到俱乐部，因为昆要他今天来俱乐部找他，昆将带他却研究所。其实，昆已经对韩亦做了调查了，幸好琼斯把韩亦的资料都改好了，昆也如约地出现在俱乐部，并带着独立条约让简签上，但给简的独立条约在同于其他克隆人，因为韩亦是一个科学家，他的合约书上多了几项，其中一项是研究所可以对其进行进化克隆，就单这项，简意识到克隆人明显是在为自己的军队招军买马，关于超高级克隆体的克隆要求，简也听比尔说过，目前的超高级克隆体只有乔，也就是他自己符合克隆条件，一旦简通过，他将再次被克隆，世上就会再出现一个极端的克隆人。但为了进入研究所做调查，简还是签上了合约，至于被克隆的事，他想和乔商议下。签完合约后，昆带着简离开了俱乐部，昆还是他原来的车，这点也是简想不明白，昆既然活着，他无不回避难所的理由，且要是他真的叛变了，避难所也就暴露了，简想了想，然后聚集精神，他想感受到昆的内心，没想到的是，简只能感受到他的生命信息，却无法察觉到他内心。
乔是看着简跟昆离开的，他在俱乐部里喝酒，更多的是侵入意念薄弱的克隆人的思想，让他没想到的是希望独立的克隆人比希望和平的人多得多，按这种局势下去，所有克隆人都想独立，而导致这种想法的就是因为桌子上的宣传报，乔拿起宣传报一看，之后放下，然后自言到，看来我得去这个地方看看。宣传报上的地方正是东南亚受“阿波菲斯”影响的地方，宣传报上的图片是卫星拍摄的，在乔眼中只不过是一蛮荒之地，没有灌木众，只是一片黑土，一百多年都是这样，而宣传报上却写着“应许之地”。
凯文也顺利混入原人类的俱乐部，他同样看到一些人在传教，但人们手中的不再是《圣经》之类的书，凯文也拿了一本，书名是《再创世纪》，里面的内容也是关于东南亚那块地的，上面还写着:“一个世纪文明再度崛起是因为阿波菲斯…”之类的话，且说这是封存了一百多年的秘密，如今被曝光出来，是因为克隆人想争夺那块“圣地”，然后想独占世界。凯文看来，这战争是暴发定了的。
乔联系凯文，说他明天就要独自去那块蛮荒之地，要他在这里控制好局面，他会在一个礼拜内赶回来。乔有那自信，还是凭他的预知能力和高智商，事实上，乔几乎没有失勿过，除了中了马丁的计外，这也是因为他无法预测到马丁的原因。
比尔在研究所工作了一个上午了，什么事还没发生，随着暴雨的来临，事情也接踵而来，马丁还是发现乔逃离了监禁室，他第一时间做了通缉令，而乔这次逃出就没那么容易落到他手中了，但是他还是觉得通缉他有有一丝希望，同时之也让马丁后悔没杀了乔，原本以为乔会归顺于他，如今乔的逃离只会阻碍他独占世界。然后马丁再想想乔逃离的原因，他第一个想到的就是防御系统，所有在主控房工作的人都让他叫过去审问了。比尔也意识到，这一切才真正开始，他也科到了他会让马丁叫过去审问，果然不出他所料，一会儿他的电脑就收到邮件，“请到马丁办公室一趟。”