3天过去了，比尔和凯文还是没有办法联系上简，他们想告诉他本尊简的真正死因还有他们所说的真像，但一直没有办法，这一天天的脱下去实在是没有效果，反而会让简更加极端，要是在过那么一天的话，凯文决定亲自去把简杀掉，这是最终的办法了。为了在自身的安全，比尔也不得不好好工作，就算跟长得跟自己一模一样的昆一起工作，他只当困死了，因为他坚信眼前的这个人不是昆，他也会努力证明这样点的。然，他和凯文已经没办法了，他们决定要开始战争了，这3天就有十几次被原人类突袭，虽然都防御下了，如果在这样他们迟早会丧生于此的。比尔，因为在原人类的网络中心工作过，他知道了原人类的攻击手段，也是他成功防御下这十几次的袭击的，也就在这3天里，艾森似乎看到希望了，而他下一步就是攻击原人类，但比尔死活就是不愿意去攻击，但凯文其同意了。
艾森最不信任的凯文现在却主动说要研发导弹，艾森也实在没有办法，只能让他来，尽管艾森很聪明，但是马丁和他的想法很接近，他们的攻击方式和防御方式都很相近，在他们暗斗的2年里一直没有成果。现在，原人类有天才科学家简的克隆进化体乔和简，而克隆人有智能机械人凯文和另一位低调的天才科学家比尔，战争随时可能打响的。
这3天，简已经改变了不少了，他现在更冷酷无情了，他的野心也在恩皮的同化下慢慢浮现了，他不再研究动物了，原人类的研究所里的多了一个隔离室，隔离室里只有简一个人在工作，他研究生化武器，目前他只拿过动物做实验，他研制出一种叫“RQ分离菌”，这种菌在单单的氧气中只能生存1分钟左右，但是它的扩扩散范围很大，一旦人们吸入肺部，它在二氧化碳的环境下就会急速复制，并分解体内的氨基酸，从中分离出碳离子，然后碳离子在与动物吸入的氧气结合，在生成二氧化碳，也就是人们吸入的氧气到肺部就变成二氧化碳，从而导致生物窒息死亡。虽然这种“RQ分离菌”没有一些会传播的病菌恐怖，但是它还是很危险的，而会传播疾病的病菌简也不想研制，他不想让世界因为他而灭绝，实际上他能研制出这种病菌，但是那样他也会很危险。
除了简知道眼前的乔是恩皮·布兰之外，其他人都以为他是乔，这3天他联通了简，其实简之所以联通不了，是因为他不相信任何人，在思想上也封闭了，让人联系不了，从这一点看，可以判断恩皮比乔聪明，也在断时间里，乔在也没有出现过。恩皮已经设定好了一切了，只要简能放弃琼斯，他就告诉简关于太平洋的秘密，其实，恩皮也干涉不了简去爱一个人，但是，简爱上琼斯就是一个错误，至少在恩皮眼中是这样，关于他对琼斯的眼神里似乎好藏匿这一个秘密。这也是他抓了琼斯的原因，虽然说是联通上了简，但是简却看不透恩皮的一些事，关于太平洋和琼斯的事，简是一无所知，简到现在还一直认为琼斯是走了。
马丁找上恩皮，“乔，我觉得你应该放我女儿出来了。”
“马丁，据我所知，你女儿只认为你还是在骗她，你就不怕她捣乱我们的计划吗？”
马丁也没办法，他只能来要求乔放出他的女儿，这才能证明他是爱他女儿的，“只要你能放她出来，其他都不重要。”
这是，简进来乔的房间了，“放了谁？”简听到了马丁最后一句话。
“没，马丁，我觉得你应该去看看我的攻击系统。”恩皮是在只开马丁，他不想让简知道琼斯的事，一旦简知道了，事情就会变得更麻烦了。
马丁好像很知趣的离开了，但他知道了简还是乔的一个威胁，就凭他对乔刚才话语的推测。现在他和简还是想敌对的，因为琼斯的事，简还是都琼斯的父亲怀着仇恨，但是马丁觉得解释的机会来了，推翻乔的时机也到了，他打好算盘就离开了。
简和乔谈论了大约一刻钟，宁怡进来了，他二话没说，直接就一拳揍向乔，“不得了了啊，我在这当领导的时候你还在玩泥巴呢，现在你倒敢命令我做事，我让你看看这里谁是老大。马丁和你关系好，他忍气吞声就算了，我可不是他，你也不瞧瞧你的德性，区区一个科学家还敢与我做对。”也就在2天前的会议上，关于晋升简的事，乔给宁怡难堪，乔羞辱他，因为他不同意简晋升S级别的科学家，说是研究所从来就没有让克隆人马上从C级跳到S级的事例，他解决不同意，而马丁在他女儿出来之前都会应承乔的任何事，所以也没有反对乔的决定，乔就对宁怡说：“现在3位上级就来了两位，马丁同意，你又不同意，这也只是一对一，所以现在我们所有科学人员有机会参与这次投票，所以，我同意。”乔的同意也让很多人纷纷同意简的晋升，但这并不是那些人的原意，他们大多是让恩皮侵入思想的。而在刚才，乔要求宁怡把克隆人研究所的最新情况向他汇报一下，宁怡的牛脾气也忍不下这口气，直接进来就是一拳。
恩皮脸上顿时红肿起来，他吐掉一口血，然后笑笑说：“宁怡，我对自己的做法感到很抱歉，所以以后我觉不会命令你做什么了。”
宁怡把乔扯到自己面前，“你这口气有是什么意思？”宁怡觉得一拳还是缓解不了自己的心情，而简抓住了宁怡的手，“我觉得你应该松开，不然我不保证我会做出什么来的。”
宁怡把乔推开，“怎么了啊，你以为我那你这个克隆体没办法是吗？”宁怡似乎一点也不怕简，因为简的加入，宁怡也设置了保护系统，也就是对他的保护，一旦有人要攻击他，防御系统就会立即对想攻击他的事物进行攻击，就算简再强，也不可能对始料未及的事做出抵御的。
恩皮还是笑了笑说：“简，不要太急，这样对谁都不好，我刚才的意思是说，不会命令你，也就是你在没有机会让我命令了。”恩皮的意思就是要宁怡死掉。
宁怡也察觉到恩皮话里的意思了，“有本事你就试试能对我做出什么来。”
“哦，真的吗？那你看看我桌上那个是什么？”
宁怡看到桌子上面去，桌子上什么都没有，但他还是集中精神的去观察，生怕乔对他做出什么不利的事。也就他集中注意力的时候，他却倒下了。恩皮不慌不忙的打电话给急救中心:“宁怡在我的办公室休克了，你们还是来看看好了。”简把这一切看在眼里，他看着宁怡倒下，而恩皮什么都没做，只是打了救护中心的电话，而且还很肯定的说宁怡休克了，简在疑问中处处都是不可思议。