\\\\t经过了几个月的疗养，小隆终于恢复健康了。这个时候，瞬来到了小隆的家里。小隆得知瞬一直以协调训练师的身份暗中帮助小智，并且到现在为止小智已经安全的离开了芳缘地区，瞬马上要回去接管冠军的位置了，所以接下来的神奥地区的大冒险，就要有小隆在暗中保护了。
\\\\t这时，通过GS球，小隆收到了凤王传来的讯息，迪亚鲁家和帕鲁奇亚的对战导致空间的不稳定，如今空间即将破裂，阿拉莫斯镇将会遭到战斗的波及，达克莱伊已经去想办法阻止了，所以现在就等着小隆出场了。
\\\\t代表时间之神的迪亚鲁家和代表空间之神的帕鲁奇亚在一起对战将会带来什么危害呢？这是小隆最想得知的事情。于是小隆乘上喷火龙飞向了神奥地区的阿拉莫斯镇。
\\\\t小隆乘坐喷火龙快到阿拉莫斯镇的时候看到前方有热气球，于是小隆便让喷火龙小心的跟随，并未让别人发现。
\\\\t小隆看到了坐在热气球上面的就是小智等人，还有一位叫爱丽丝的女孩，得知爱丽丝正带着小智等人前往时空之塔。
\\\\t小隆决定先去时空之塔打听情况。正当小隆顺利进行的时候突然听到了一首曲子，那是爱丽丝用草笛吹奏的，那首曲子是那样的振奋人心。众人都陶醉在音律当中的时候，超能斗士出现了。
超能斗士带领小智等人来到了一个院子。而超能斗士的主人也出现了，他告诉大家噩梦神出现在了这个地区。
传说噩梦神是让人们一旦入睡就会无限做恶梦的邪恶神奇宝贝，但是研究时空的托尼欧博士却认为噩梦神在此地出现是有原因的。而这时GS球当中的雪拉比突然出现在了小隆面前，示意小隆有异常情况。
而此时小智的皮卡丘也发现了异常。就在这时，噩梦神达克莱伊出现了。
头一次看到真实噩梦神的小隆也着实吓了一跳。噩梦神使用了黑洞击中了小智。躲在暗处的小隆说道：“在做恶梦吗？”
看到倒下去的小智，还不断表现出异常的表情，大家都知道小智受到恶梦神的影响在做恶梦。众人将小智带到了神奇宝贝中心。最后是皮卡丘用十万伏特叫醒了小智。
这时托尼欧博士发现了存在异常的能量，所以决定去调查。但是这时事情的真相恐怕只有小隆知道，噩梦神是来拯救这个镇子的，他是来阻止迪亚鲁家和帕鲁奇亚的战斗的。
小隆望了望时空之塔，因为自己是来自另一世界的，所以对这个世界近期发生的事情全都一清二楚。他知道时空之塔将会崩塌，但是他不知道阻止时空裂缝的方法。因为这个世界有两种发生冲突的传说。
如果没有时之齿轮的话是没有办法解除危机的，凤王的声音透过GS球传了过来，凤王告诉小隆，让他到时空之塔最顶层。得到凤王指示的小隆来到了时空之塔顶端，发现了那里有5枚时之齿轮。
这时小智等人也在向塔顶前进，而小隆现在还不能和小智见面，所以小隆通过窗户从塔外侧离开了。
小智等人也来到了塔顶，因为小隆早已离开，所以小智并没有发现什么异常。爱丽丝操作时空之塔音盘放出了美妙的音乐。此时在镇子上的小隆也看到了镇上的人都很开心的跳起舞蹈。
然而就在这时时空突然被撕裂，在异空间当中战斗的迪亚鲁家和帕鲁奇亚的影响也瞬间出现在了阿拉莫斯镇，可是也是转瞬即逝。
“可恶啊，还是出现了吗？”小隆暗骂一声。
这时噩梦神也出现了，受到噩梦神的影响几乎所有的神奇宝贝都开始做了噩梦。而在宝贝球以外的神奇宝贝没有受到攻击只有皮卡丘，圆企鹅躲开了噩梦的洗礼。
小智的皮卡丘对噩梦神发动了攻击，但是噩梦神似乎不打算让皮卡丘进入噩梦状态。这是当然的了，因为凤王派噩梦神来帮忙解决问题的时候特意提醒道不要对小智下手。
小智等人集中在神奇宝贝中心的时候，小隆找到了噩梦神。
“噩梦神，看起来要阻止这场灾难，光靠咱俩是不够的。”小隆说道。
“没错，现在你我所拥有的只是5枚时之齿轮，另一半的只能交给小智了。”而此时阿拉莫斯镇已经被包围在了时空裂缝之中。
小智等人在托尼欧博士的解释下似乎明白了，这一切不是噩梦神所做的，大家都知道了噩梦神是在保护这个镇子。而此时噩梦神离开了小隆，出现在想要征讨他的人类面前。
另一方面，托尼欧在时空之塔研究出来了灾难的起源。
而讨伐噩梦神的神奇宝贝已经把能量集中到一起了，但是却全都被噩梦神所打倒。此时的小隆也在寻找时空裂缝的位置，因为他知道目前所能够做的就是帮助小智找出裂缝。
当小隆再次踏上了时空之塔塔顶的时候感受到了裂缝的波动。他通过GS球将讯息通知了噩梦神。而小智等人也看到赶来的噩梦神。小隆观察到小智已经发现噩梦神是在保护镇子，于是通知噩梦神收回恶梦的影响。
但是整个镇子已经被异次元空间包围。帕鲁奇亚和迪亚鲁家也出现在了阿拉莫斯镇。此时的噩梦神和迪亚鲁家，帕鲁奇亚发展成为了混战。面对三个神兽级别的神奇宝贝，众人都感觉到很无力。而因为迪亚鲁家和帕鲁奇亚的影响，世界上多数地区受到空间裂缝的影响，反转世界出现了。时空之塔也开始出现了崩塌的迹象。
而全力奋战的噩梦神却为了镇压能源波动而失去了生命能力，暗处的小隆看到这个情况不免心中一惊：“达克莱伊！！！”随后小隆突然想起来，噩梦神是属于黑暗系的神奇宝贝，也许黄金盔甲邪恶的力量不会对他产生影响。
随后在众人目光集中与小智这边的时候，小隆将黄金盔甲的力量传到给了噩梦神。噩梦神接收到黄金盔甲力量的时候生命力又再度恢复。看到噩梦神恢复了，小隆也继续在时空之塔上方寻找时之齿轮的凹槽。
托尼欧在戈迪的日记中了解了一切事情的真相，只要拿到奥拉西翁就能够化解危机，而小智等人拿到奥拉西翁放回他原本的位置的时候。小隆也在时空之塔正上方发现了可以镶嵌5枚时之齿轮的位置，于是小隆也将5枚时之齿轮安置回原来的位置。
当一切工作完成的时候，迪亚鲁家和帕鲁奇亚也明白了这里不是战斗的地方，于是迪亚鲁家和帕鲁奇亚也回到了属于自己的地方，时间和空间。这时小隆只希望原本两个世界的生命不要再次碰撞，同样的惨剧小隆也不希望见到第二次。
但是小隆知道现在不是感叹的时候，接下来还有反转世界。就这样小隆来到了反转世界，而告别小智的噩梦神回到了凤王身边。