明代倭寇的活动，以嘉靖朝为界可大体分为两个时期。前期是从元末、明初到正德年间。元末，日本进入南北朝分裂时期，其内战中的败将残兵、海盗商人及破产农民流入海中，乘明初用兵之机，屡寇滨海州县。
洪武时，海防整饬，尚未酿成大患。经永乐十七年（1419）六月的望海埚之战，明辽东总兵刘江率师全歼数千来犯之倭后，倭寇稍稍敛迹。
正统以后，因明代海防逐渐空虚，倭寇侵扰时能得手，致倭患又起。
这一时期的倭寇成员多为日本本土之人，除*裸侵扰外，还利用中日间存在的“勘合贸易”载运方物和武器。路遇官兵，则矫称入贡；乘其无备，则肆行杀掠。
总的说来，嘉靖以前，倭寇侵扰只限于个别地区，时间亦短，尚未成为明朝东南地区的严重祸患。
前期：明成祖发动叛乱，夺取政权，迁都北京后，据说建文皇帝在南方的残余势力与日本海贼合作，以日本一些为基地，在中国和朝鲜沿海进行报复性侵扰。
由于这些南方人身穿日本人服装，使用日本人的武器和作战方法，所以也用“倭寇”这名词来称呼由日本人与南方中国人所组成的海盗集团。
明成祖晚年，由于陆上北方威胁未除，南方郑和下西洋以后，激增的海陆来往也带来了渐盛的倭寇侵扰，遂实行海禁政策，只开放勘合贸易（官方贸易）。
但后来到了嘉靖二年（西元1523年）爆发了宁波之乱，加上稍早时，葡萄牙人入侵发生了屯门海战与西草湾之战，此后沿海治安多次陷入危机。
明朝遂宣布中断一切贸易，期望以围堵的政策来减轻倭寇的威胁，但也断绝许多自唐朝以来整个贸易产业链相关从业人员（鱼业、手工业、造船业、贸易）的生计，致使贸易地下化，商业纠纷无从解决，遂转成武力报复，倭寇之乱不减反增，造成了嘉靖倭乱。
后来的发展上，明人王直扮演了很重要的角色，王直曾上书朝廷请求开海禁，被拒绝后，把基地设在日本的平户藩，以反对明朝海禁政策的南方中国人为基础，与日本人、佛朗机人合作进行走私，在后期倭寇中，很为知名。
胡宗宪与戚继光曾参与讨伐倭寇的军事行动。
后期：嘉靖以后，是倭寇活动加剧的时期。其原因有四：
①战争造成日本各阶层人士的大量破产和失业，遂多流为寇盗；
②由于日本商业的发展，大小藩侯的奢侈欲望愈益增长，对中国大陆各种物资和货币的需求更加强烈；
③日本室町幕府已名存实亡，无力控制全国政局，诸1ff8各自为政，尤其是南方封建主，将掠夺中国大陆视为利薮；
④这一时期有大量的中国商人、破产农民和失意知识分子等，由于各种原因留居日本。其中有资本者纠倭贸易，无财力者则“联夷肆劫”，成为嘉靖隆庆年间倭寇的重要组成部分，构成这一时期倭寇的一个显著特点。
如侨居日本的倭寇首领汪直、徐海、毛烈、陈东、叶明（叶麻）、邓文俊、林碧川、沈南山等，即为此类人物。
他们伙同倭寇，在日本封建主支持下，袭用倭人服饰旗号，乘坐题有八幡大菩萨旗帜之八幡船，侵扰中国东南沿海地区，掠夺大量财物。
但此时明世宗朱厚熜迷信道教，不问政事。严嵩专权，贪贿公行，致吏治腐败，文恬武嬉，沿海士兵大量逃亡，战船锐减，海防设施久遭破坏，为倭寇活动猖獗提供了可乘之机。
嘉靖二年（1523）六月，日本封建主大内氏使臣宗设、谦导与细川氏使臣瑞佐、宋素卿，因争夺对明贸易，在中国土地上相互厮杀。
宗设格杀瑞佐，又以追逐宋素卿为名，大掠宁波、绍兴一带。杀掳明朝指挥刘锦、袁琎等，夺船出海而去，此即震动朝野的“争贡之役”。
此后，明朝政府要求日方惩办宗设及倡首数人，放回被掳中国官民，缴还旧有勘合，遵守两国所订之约，如此方许换给新勘合，继续贸易。
日方没有答复这些要求，致使双方贸易实际中断。由是倭寇走私贸易猖獗，并伺机多方掳掠。
二十一年，倭寇由瑞安入寇台州，攻杭州，侵掠浙江沿海。
二十三年，许栋、汪直等导引倭寇，聚于宁波境内，潜与豪民为市，肆行劫掠。倭寇在山东、南直隶、浙江、福建、广东沿海大肆烧杀掳劫，江浙一带民众被杀者达数十万人，严重破坏了社会生产力的发展，威胁东南沿海人民生命财产的安全，激起中国朝野上下各阶级、各阶层人民的愤怒反抗。
福建巡抚在谭纶、戚继光、总兵俞大猷等领导下，东南沿海军民浴血奋战，抗击倭寇。
三十二年，俞大猷率精兵夜袭普陀山倭寇老营，重创倭寇，又在王江泾歼灭倭寇两千人。
四十年，戚继光率戚家军等在台州九战九捷，痛歼入寇台州之敌。此后，戚、俞联合，基本肃清福建、浙江倭寇。
四十四年，戚继光与俞大猷二军配合，击灭盘踞在广东、南澳的倭寇。至此，东南沿海的倭寇最后荡平。
15世纪半至16世纪，其活动舞台为中国沿岸、东南亚方面，成员以中国人及朝鲜人为主，被称为“假倭”。
此时期倭寇发生的主要原因是明代中国的生产力增加，但却施行海禁政策。史书所见的最后倭寇，在1624年7月侵犯福建沿海。“推其祸始，乃由闽、浙沿海奸民与倭为市；而闽浙大姓没其利，阴为主持，牵连以成俗。
当时抚臣朱纨欲绝祸本，严海禁；大家不利，连为蜚语中之，而纨惊死矣。纨死而海禁益弛，于是宋素卿、王直、陈东、徐海、曾一本、许恩之流争挟倭为难。
自淮扬以南至广海万余里，无地不被其残灭，而闽祸始惨矣”。
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