在离开新岛之前，小修放出梦幻，让它把乔伊他们四人有关新岛的一切的记忆删除掉，因为这些经历对他们而言或许太恐怖了，梦幻把他们有关新岛的记忆删除掉的同时，还把所有受到邀请函的训练家和港口的君莎他们的有关新岛的记忆一块删掉，最终，还记得新岛的事的就只剩下他们八人。在回往真新镇的路上，大家遇到了一只吸盘魔偶，小智想收服它，但马戏团团长阿津也想收服它，但最终让它逃走了，小刚从阿津的脸上看出她有心事，于是上前打问，最终知道阿津因为训练她的吸盘魔偶不当，以致不肯表演。而小刚想到一个妙计，就是让小智按原著中那样扮演吸盘魔偶，最终演出正常开演，可就在这时，火箭队不知情地把扮演吸盘魔偶的小智抢走，也在这时，大家也遇到了小智的妈妈，花子阿姨。被火箭队带走的小智表露身份逃回去，同时花子阿姨还误把真正的吸盘魔偶当小智，好生招待了它，然后就在这时，吸盘魔偶被花子阿姨收服，然后真正的小智和花子一碰面才知道她搞错了。就在这个时候，火箭队又卷土重来，想再次抓吸盘魔偶，小茂他们想就此打飞他们，但被小修阻止，说先看看，最终阿津为救它的吸盘魔偶所展现出来的勇敢打动了吸盘魔偶，小修才说已经可以了，最终小茂和小蓝的神奇宝贝直接把火箭队他们打飞，阿津也和她的吸盘魔偶重归于好了；来到大木研究所，小智和小茂进行了一场久违的对决，吓坏了庭院里的神奇宝贝，还是小黄和小修赶紧安抚才没出事，就在这时，迷路许久的火箭队出场，打断小智和小茂的对决，被小蓝直接打飞，而且他们的决斗也最终因为小修说把决斗结果留到石英大会一决胜负来得好，他们才最终停了下来。
在接下来的特训的几天，一行人纷纷遇到了不少的事，比如被大木博士委托到比努海岸的西野森博士那里解开呆呆兽的进化之谜，最终西野森的呆呆兽和武藏收服的大舌贝共生进化，成了呆河马，解开了呆呆兽的进化之谜，最终，西野森博士决定把呆河马送给小霞抚养，因为哥达鸭依旧和呆河马成为了朋友，哪怕进化了也改变不了；在比努海岸做特训的时候，小智在海中脚抽筋遇难时，幸好被敏川特与马奎尔救起，后来大家一块来到敏川特先生的家，得知这一人一皮卡丘背后感人的故事，就在这时，火箭队又跑出来捣乱，把皮卡丘秋秋皮丘和马奎尔抓起来逃走，大家乘坐敏川特先生的快艇前去追赶，小智的波导很快就找到了火箭队他们，在小霞的神奇宝贝的帮助下，火箭队又和原著一样被打飞，并且大家都被救了回来，就在这时，马奎尔全身发出蓝光，敏川特知道这是表示20年一次的大海浪要来了，于是拿出冲浪板，要开始挑战大海浪，最终他成功了；一行人被花子阿姨委托到村雨植物园摘草药，然后妙蛙种子在那里开始了自己的爱情，林子有个烦恼，为了继承家业，应该进化的臭臭花迟迟进化不成霸王花，刚好火箭队又跑出来捣乱，在小刚的鼓励下，林子拿出了她的臭臭花迎战，最终林子打败了火箭队，并向他的青梅竹马岩风告白，林子甚至还把她的臭臭花送给小黄，因为她知道自己是没办法参赛的，但至少有人可以代替她参赛；为了恢复特训，小修带大家来到露营场训练，遇到一个叫克子的女训练家上前挑战，小智接受了她的对决，就在他们要开打的时候，火箭队又跑出来捣乱，但抓错成了克子的雷丘，被教训了一顿，这时著名导演南野导演跳出来，说要招募神奇宝贝演员，一行人都参加了，最终和原著一样，小霞的哥达鸭成为了主角，而火箭队因为没被选中而捣乱，但被哥达鸭轻易打飞，最终电影圆满拍摄成功；由他们的神奇宝贝主演的电影将在好莱坞上映，一行人这次包括花子和火箭队一起来到好莱坞，喵喵遇到了它的初恋玛丹娜，得知它现在跟它曾经的老大在一起，于是跟老大决斗，最终获胜，但玛丹娜因为已经爱上了那头猫老大，所以并没有回心转意，而且它还是保持过去的那个观点，给喵喵巨大的打击；一行人后来到米亚茶山找希巴挑战，却遇到了巨大大岩蛇，小黄能感受到那头巨大大岩蛇很痛苦，小智侦测到它的岩缝体内有头穿山王，大家立马明白那就是导致大岩蛇暴走的原因，希巴这时出现，朝巨大大岩蛇的头部给予重重的一拳，竟然把对方直接打晕了！希巴根据小智的波导的指示，把那头穿山王取出，塞蕾娜趁机把那孩子收服。
希巴把巨大大岩蛇收服后，问：“你们是来这找我的吧？”
“您怎么知道的？”小刚问。
“两个天王候选人，会来这里就只可能是挑战我，得到我的位置。”
“那您误会了，要挑战您的是他们三个。”小霞指着小修他们说。
“是你们吗？也行，除去刚收服的大岩蛇，我身上刚好带了三只神奇宝贝，你们三个轮流挑战我吧，谁先？”
“我！”3
“好吧，你们三个把你们的名字写在纸上，然后我通过抓阄来决定第一个，可以吗？”
希巴的提议他们很快就接受，最终顺序为小修小茂小智。
“去吧！战舞郎！”希巴对付小修派出的是战舞郎。
“去吧！战车！”小修派出的却是属性遭到克制的战车。
“这只神奇宝贝？莫非是芳缘地区的波士可多拉？”希巴到底是四天王，很快就认出。
“嗯。”
“对付格斗系的神奇宝贝最好派飞行系或超能力系，波士可多拉可是钢铁和岩石系，难道你认为用它就可以打得赢我吗？”希巴有些生气的说。
“希巴先生，我正是因为没有小瞧你，才会派战车啊，以赐予之名！吾赐予战车进化的能力！超越进化！战车！进化！”彩光一散，波士可多拉登场。
“原来如此，是传说中的进化啊，不过不利的属性依旧在！战舞郎！回旋踢！”
（用蛮力抓住它的双腿！然后使用泰山压顶！）战车抓住战舞郎的双腿，让它无法使用回旋踢，就在它要用泰山压顶的时候，希巴指挥道：“就这样使用近身打！”
（用变硬保护自己！同时继续用泰山压顶！）
战车虽然用变硬强化了防御，但战舞朗的近身打威力很大，它差点就松手了，但还是忍住，狠狠地压住战舞郎，虽没把对方压到无法战斗，但至少它也不好受。
战车离开战舞郎，捂住被打击的腹部，大口喘气，战舞郎也艰难地站了起来，大口喘气。
“你的神奇宝贝不错呢，但现在它恐怕承受不了战舞郎的攻击，你认输吧。”
“抱歉，我没这打算！战车！使用重磅冲撞！”
“既然你要拼！我奉陪！战舞郎！飞膝踢！”
两大招数碰撞起来，产生爆炸，最终战车被打倒，并退出形态，烧蚊香了。
小修把它收回来说辛苦了，然后小茂出战，希巴派出的是飞腿朗，小茂派出的是他的七夕青鸟。
“哦？这回是七夕青鸟，属性上很有优势呢。”
“马上就更有优势了！以赐予之名！吾赐予七夕青鸟进化的能力！超越进化！七夕青鸟！进化！”光芒散去，美丽的七夕青鸟登场。
“哇好美”在场的女生眼冒爱心，无他，七夕青鸟的形态实在是太美了。
“又是进化，真想知道你们是怎么做到的，不过罢了，飞腿朗！二连踢！”
“棉花防御。”七夕青鸟很轻易地接下沙瓦朗的攻击。
“很好！接下来使用魅惑之音！”魅惑之音精准打中了沙瓦郎，飞腿朗露出痛苦的神情。
“飞腿朗！你还好吧？”
“希巴大师，看来你要输了。”小茂得意的说。
“别得意！飞腿朗！用子弹拳！”
小茂暗道不妙，七夕青鸟已经被打中，发出痛苦的叫声。
“趁现在！连续使用子弹拳！”希巴瞬间猜到进化还会改变属性，而且它可能改变成会被钢克制的属性！之前被克的那么死，现在可以反击他哪能放过！
在连续的子弹拳的打击下，七夕青鸟撑不住了，解除形态，烧蚊香了。
“输了呢，回来吧七夕青鸟！”小茂遗憾地把七夕青鸟收回，对小智说：“你最好别输。”
“知道了。”最后是小智上场，希巴也派出他最后一只格斗的神奇宝贝：快拳郎，小智派出大嘴娃。
“这只大嘴娃莫非也可以进化？”
“没错！以赐予之名！吾赐予大嘴娃进化的能力！超越进化！大嘴娃！进化！”光芒散去，大嘴娃登场。
希巴看到他们派的神奇宝贝都可以进化，有些嫉妒地说：“你们神奇宝贝的这种能力也太遭人恨了吧。”
“你管得着！大嘴娃！妖精之风！”大嘴娃身体一甩，吹起粉色的风。
“快拳郎！真空波！”艾比郎使出真空波抵挡，但没挡住，被妖精之风打中。
“快拳郎！”“趁现在！嬉闹！”
大嘴娃跟快拳郎嬉闹的同时不断攻击它，让快拳郎痛苦万分，就在小智以为要赢的时候，希巴下指令说：“快拳郎！双倍奉还！”
小智瞬间感到不妙，双倍奉还那可是可以把受到的所有伤害全部返还的招式！绝对不能中招的呀！
可惜晚了，大嘴娃和快拳郎之间的距离非常近，想躲开根本不可能，它又无法学会看穿，于是被快拳郎狠狠反击，最终也烧蚊香。
“啊我也输了，果然四天王都是群强大的家伙呢。”小智说。
“你们当我傻啊，我还看不出来这不是你们最强的神奇宝贝，我可以肯定，如果你们派的是你们最强的神奇宝贝，我一定打不过你们。”希巴一针见血地说。
“呵呵。”因为被揭穿，三人只能苦笑。
“唉，罢了罢了，总之谢谢你们帮忙救了这只大岩蛇，再见了！”说完希巴便离开了。
看到希巴离去，小蓝说：“既然希巴先生走了，那么履行赌约吧。”
“真是的，早知道就不打这个赌了。”小修放出小蜻，准备和它合体。
“唉，大嘴娃，合体吧。”小智对他的大嘴娃说。
小茂拿出他的尼多后说：“尼多后，和我合体吧，岂可修！没想到不用月精灵竟然真的赢不了！早知如此就不和你们打赌了！现在要变成女孩子了！”
“明明是你们三个互相打赌，说谁输了谁就要变成女生，还请我做这个见证人，既然我都做了这个见证人，那么我就要履行见证人的职责，快点！”
三人和自己的神奇宝贝合体，变成了女生，解除合体后，小修和小智神态自如，不！或者说，应该叫小慧，而小茂嘛
红棕色的长发，墨绿色的眼瞳，因为女性化后看起来像是傲娇和因为第一次合体而脸红的脸，再加上不输于小慧的身材，看起来也是个绝世美女，不过当然，终究只是美女的程度，和小慧那种跨越性别的妖精比，差远了。
“啊啦啊啦，怎么你的脸好像在说‘输了’呢？”
“谁说的！”小茂脸红说。
“要不要给你取个名字呢？嗯小叶如何？”小慧问。
“要取也是我自己取！别擅作主张！”
“叶子好了，更合适，因为你们俩站在一起，她就是个彻头彻尾的叶子。”小修说。
“你有种再说一遍！而且这和刚才的名字有差吗！”
“我还真不敢，因为我们现在的确没种。”
“我竟无言以对。”小茂这时发现，跟小修吵架绝对超不过他，他也就放弃和他吵，对小慧说：“总而言之，我的美貌或许跟你比差远了！但实力我绝对胜过你！”
“哦？是吗？”小慧突然靠近小茂，然后一把抓住她的胸部。
“呀”小茂发出尖叫，同时迅速脱身，脸红说：“你你你你你怎么可以做这么不知羞耻的事啊！”
“我记得小蓝说过女生之间这样的小打小闹是可以的，而且她还对塞蕾娜做过同样的事，既然如此，我干嘛不能这么做啊？顶多就是便宜某个眯眯眼御姐控。”
此时那个眯眯眼御姐控已经倒在血泊中，脸上写满了幸福。