与希巴过招后的几天，众人来到一座不知名的小山里扎营，因为这次的特训仅仅只是训练神奇宝贝，所以小修和小智都没有使用波导勘察周围，就在这里直接特训。
“鸭嘴火龙！喷射火焰！”
“臭臭泥！使用污泥炸弹！”
“装甲！撕裂爪！”
“小皮！劈瓦！”
小修等人用小时候特训的老办法训练，这次他们训练的是自己收服的神奇宝贝之一，因为一旦参加比赛，只要不出意外，进入八强，就一定要用六只神奇宝贝，所以他们决定让自己的每一只神奇宝贝都接受特训，今天轮到这几只，他们的双打组合是这样的：小智和小修小茂和小蓝，一天换一次。
“鸭嘴火龙！让对面那个笨蛋瞧瞧我们的厉害！使用过热！”
“既然你想拼！我跟你拼到底！臭臭泥！垃圾射击！”
“既然如此小蓝，咱们也拼一下吧，装甲！破坏死光！”
“哼！小皮！大字爆炎！”
就在这四个大招即将碰撞在一起的时候，波克比竟然突然出现在那四个大招即将碰撞在一起的地方！
波克比的出现吓坏了众人，小蓝和小修赶紧用超能之力把攻击转移到岩壁上，波克比总算没受到伤害。
“波克比！”塞蕾娜赶紧跑到波克比的身边，紧紧把它抱在怀里，流下眼泪说：“不要吓我啊，我都快被吓死了。”
“塞蕾娜！你怎么没把波克比看好啊！要是波克比出了什么事可怎么办！”小霞大声呵斥她说。
“对不起，只是一时间没注意”塞蕾娜说话的声音越来越小声，看样子都快哭出来了。
“应该是波克比自己用瞬间移动到哪里去的。”小修说。
“怎么可能！波克比还小，不可能会这招的。”小智说。
“如果它会的不是瞬间移动，而是挥指呢？”
“挥指！这个招数也是一个大招！它怎么会呢？”小茂说。
“那我问你们，你们觉得波克比是会瞬间移动来的现实，还是挥指更有可能呢？”小修反问道。
“呃”被小修这么一问，大家忽然觉得，波克比可能会的真的是挥指，小黄说：“如果波克比它用的真的是挥指的话，那么它会突然出现在那里也就可以解释清楚了，因为是第一次用不熟练。”
“不过如果真是这样的话那就糟糕了，因为挥指可是随机性招式，万一它再用挥指，谁敢保证下一次它不会用个危险的招式？”小刚说。
“确实，万一它使用大爆炸什么的，那真的太危险了。”小茂说。
“那怎么办？”塞蕾娜问。
“只能大家以后多注意注意波克比，一旦发现它使用挥指，立马让它停下！”小修说。
“就目前看来也只能这样了，嗯？你们看！岩壁！”小霞的话让众人的目光瞬间转移到岩壁，众人也在这时才注意到，被打碎的岩壁露出一个遗迹，遗迹最上方是一口古老的古钟，下方摆放着一个金色的物品，小蓝用超能力侦测，惊讶的说：“里面有一只神奇宝贝！”
“嗯，而且这口大钟里也有。”小修说。
“在我们的正下方还有一个。”小智说。
“每到这个时候本少爷都特别羡慕你们的这个能力！”小茂不爽的说。
这时一个奇怪的女孩突然出现，一把夺过小蓝手中的金色物品，仔细观察，最终确认说：“这个不会错的！”
“你谁啊！刚刚出现的时候竟然没察觉到你！”3
少女可不管他们，而是对她的同伴招手说：“团长！发现金色之眼了！”
那个被少女称呼团长的人拿着金色物品说：“终于发现了吗？你干的很好。”
小刚趁机上前说：“你好！我是第一个发现者！我叫小刚！今天黄道吉日！事业有成”小刚话还没说完，就被小修和小茂爆栗，并且拉走，塞蕾娜过去说：“抱歉啊，我们的同伴说了很多多余的话。”
少女激动地抓起塞蕾娜的手说：“才没这回事呢！太感谢你们了！我叫怀特！请多多指教！”
她转过身去对她的团长说：“可是我没想到竟然这么快就发现了！我有点不敢相信！”
“那个”小霞想问他们到底是什么人的时候，那个团长说：“做得好，博士，这下子你的假设等于获得了证实。”
“那个”小黄和小霞。
“把营地转移到这里吧，团长，我要彻底调查这片区域。”怀特说。
“哈哈哈哈！我早就转移过来了！”这个团长竟然真的很快就把他们的营地转移到这里，连怀特都心生佩服，这时怀特才注意到他们，此时小茂他
“哈！”小茂用包裹了御龙之力的手狠狠捶向遗迹旁边的岩壁，然后砸出了另一个人遗迹，小蓝从遗迹里用超能力拿出了一个黑色的哑铃，就在这时，黑色的哑铃发出耀眼的红光，试图想把周围的人都吞噬进去，塞蕾娜他们有小黄保护，其他人也因为自身的能力没有被那红光吞噬，可怜的火箭队就这样还没说出场台词就被吞了进去，小智说：“大家！准备战斗！”
这个时候，黑色的哑铃开始慢慢变大成型，变成了一个有着奇怪纹理的超巨大耿鬼，小蜻此时突然跑出来，向它哀嚎。
“小蜻，你突然对它哀嚎干嘛？”小修不解地问。
（我能感觉得到。）小蜻流下眼泪说：（它和我一样，是被改造的神奇宝贝。）
“它也是被改造的神奇宝贝！”5
“纳尼！”
就在这时，那个被称作金色之眼的东西发出金光飞了出来，同时一个金色的汤勺也跟着出来，汤勺好像要是一般插在金色之眼的孔上，然后金色之眼变成了同样有奇怪纹理的超巨大胡地。
“怎么办？他们看起来要打起了。”塞蕾娜说。自从见到梦幻这些传说神奇宝贝后，她已经完全不怕那些体型巨大的神奇宝贝了，面对它们都可以做到和它们谈笑风生了。
“先让被抓住的人睡着再说，塞蕾娜，该你的胖丁出场了。”小修说。
“哦，胖丁，唱歌。”塞蕾娜放出胖丁的同时，小蓝也做了个精神护罩，保证他们既是听了胖丁的歌也不会睡着。
胖丁开始唱歌，在它唱歌的时候，古钟发出光芒，等它唱完的同时，古钟也不再放光，同时缓缓飞到那两只神奇宝贝的面前，然后古钟内部发出粉色光芒，从光芒里出现了一只也有奇怪纹理的超巨大胖丁，塞蕾娜察觉到不对劲的地方，赶紧把胖丁收回，同时叫小蓝不要撤掉精神护罩，这时大胖丁拿起它头上的古钟，拿它当麦克风唱歌，竟然让那两只神奇宝贝睡着了！然后它一怒之下也作出原著中塞雷娜的胖丁的举动：涂鸦，最终它们几个变回原来的样子，同时被抓住的人也被放了出来。
撤掉护罩后，小蓝问：“接下来该怎么办？”
“等他们醒来后，我来说明好了，先把这些东西放回原位，然后我跟老妈他们联络一下，问问这到底是怎么回事？”小修说完，便走进他们的营帐里，发现了一块刻有超古代文字的石板，小修发现他竟然能看懂石板上的内容，上面写的是：毁灭世界的两股力量，黑色的黑暗，染黑了天空，金色的眼眸，扰乱了气，把世界分成两半的斗争，人们束手无策，天空开启异界之门，这个时候，平息一切的力量化成圆球回到地平线底下。这时他也想起来如果不是因为他的到来而发生改变的话，石板上的内容真的会被验证的，这样他感到更奇怪了，于是他赶紧用实况接收器呼叫他的老妈，这时众人也进来，打算问问小修的母亲有关超古代的事。
实况接收器接通了，可他们看到的是正在泡温泉的安杰拉，安杰拉问：“啊啦啊啦，儿子你如果想看你老妈我性感的裸体的话直说就是，怎么叫这么多人来一起看呢？”说完正准备起身。
眼看事态马上就要成人化了，小修可不打算便宜某个眯眯眼色狼，于是赶紧说：“我要知道超古代的真面目！”
一听到小修问的问题，安杰拉立马合上实况接收器，挂断联络。
“老妈，你就这么不想再提起吗？”小修有些失望地说。
这时小修的实况接收器突然有联络请求，小修一接，发现是他老妈，安杰拉说：“你会问我超古代的是想必是因为你看到了某块记录超古代文字的石板，你不用急着回答！也不能问我问题，你们几个也是！就这么么静静的听我说。”说着缓一口气，说：“如今的考古界挖到的刻有超古代文字的石板或者遗迹，大部分都是假的，为了隐藏真正的超古代而迷惑后人用的，可以这么说，刻有超古代真相的石板基本没几个，只有那些早在超古代就存在的家族还存有。超古代一共有三种文明组成：一种是你们现在的文明，在我们那个年代被称作和平文明，还有就是将神奇宝贝供奉为神明的文明，也就是神兽文明，最后一个就是我们国家的文明：众神文明，因为只有我们国家的人才能拥有赐予之力。三大文明有三大文明不同的与神奇宝贝的相处之道，和平文明他们认为与神奇宝贝成为朋友就是等于回归自然，所以他们不会做出伤害神奇宝贝的事，甚至在他们眼里神奇宝贝比人还重要；神兽文明的人认为神奇宝贝是神明的后裔，也就是神之子，尤其是传说神奇宝贝和幻之神奇宝贝，更是被尊称神兽。”
“神兽？那我上次这么称呼啦啦它为什么不高兴？”
（很简单，因为这个称呼让我们有心理阴影。）啦啦跑出来说。
“什么心理阴影啊？”小黄问。
“我来解释吧，这一切是我们国家害的，也就是众神文明，当时的我们认为我们自身才是真正的神明，把其他人看做低等的贱民，把神奇宝贝看作奴隶，就连神兽也不放在眼里，因此我们是不是就会骚扰别的国家的人和神奇宝贝，甚至发动过战争要把那两个国家吞并，然而阿尔宙斯的出现让我们打消了念头，它强大的力量我们无法反抗，我也被阿尔宙斯亲手废掉我自己的赐予之力，然后被你爸救了过来，说来可笑，你爸他正是和平文明的人，他看到我有难，就出手救了我，我也是在那个时候爱上了他，后来我被我们国家的人找到，他们检查我的身体，发现我并未怀孕，就把我带回，当时你爸他根本无力阻拦，只能眼睁睁地看着我被他们带走。他们把我带回去的时候，我一直以为我会受到什么虐待，然而他们只是威胁我说如果我不帮忙做实验的话，马特修斯就会死，不得已，我就帮他们做实验，却是成了我这辈子一直都要背负的罪孽”说着安杰拉不敢再说下去了。
“是把神奇宝贝拿来改造的吧？而且是从蛋开始改造。”小修说。
“你怎么知道！”安杰拉惊讶地问。
“小蜻做噩梦的时候，我无意间看到了噩梦的内容，把神奇宝贝改造的梦。”
“小蜻吗？难怪，那孩子就是当年‘造神计划’仅有的成功幸存下来的神奇宝贝之一。”
“那剩下的呢？你不会也带到这个时代了吧？”
“没有，它们基本都消失在历史的长河里，那些虽然改造失败却幸存下来的，被我们封印在一些容器里。”
他们瞬间明白金色之眼黑色哑铃和古钟里的神奇宝贝是怎么回事了。
“我唯一带走的只有小蜻这个孩子而已，而且我们当时的造神计划是建立在那些神兽们差点灭绝的基础上。”
“这是怎么回事！”
“为了创造新的神兽，我们将原本就存在这世间的神兽们抓来，我们最先抓到的就是固拉多和盖欧卡，因为它们的力量基本可以说是无穷无尽，结果他们的力量被我们抽取的太多，变成了后来世人所见到的样子，连实力也跟着倒退了很多，想要恢复巅峰的形态，就只能依靠龙脉的力量。”
“这样啊。”（原来这就是固拉多和盖欧卡会有原始回归这一形态的原因啊。）
“被抓住的还有烈空坐玛纳霏帕鲁奇亚帝牙卢卡骑拉帝纳时拉比一族谢米一族，凤王洛奇亚酋雷姆莱希拉姆捷克罗姆克雷色利亚一族达克莱伊一族哲尔尼亚斯伊菲尔塔尔基格尔德蒂安希波尔凯尼恩雷吉洛克雷吉艾斯雷吉斯奇鲁雷吉奇卡斯。除了还没诞生的一些神兽，就只剩下梦幻还没找到，梦幻的行踪比想象中的更难找，所以他们放弃寻找梦幻，只用那些神兽做实验，能够被抽取基因的神兽毫不例外都被抽取出了基因，不能抽取的就直接将它们体内的能量抽取出来，得到我们想要的东西。”
“什么东西？”8
“那东西你们不知道来得好，总之因为不断抽取的原因，时拉比谢米克雷色利亚和达克莱伊一族，都差点灭亡，后来梦幻和马特修斯一起带着阿尔宙斯出现在我们的面前，阿尔宙斯一出现，就是直接将赐予之力全部废掉，同时打算将所有的拥有赐于基因的人全部杀掉，当时包括我，还是你父亲拼死保护了我，不然我不可能和你父亲最终在一起，并且怀上你。”
“那些人呢？阿尔宙斯真的把他们都杀掉了吗？”塞蕾娜问。
“没有，阿尔宙斯最终还是没有下手，只是单纯将赐予基因破坏掉，让他们的后人再也无法拥有这种力量，然而”
“然而什么！”8
“然而有人逃走了，他侥幸很晚回来，所以他体内的赐予之力没有被废掉，同时带走了几乎所有实验成功的蛋，唯独没有带走的只有我怀里抱着的小蜻，剩下没有被封印，且同样也是实验成功的神奇宝贝，阿尔宙斯将它们放归野外，同时封锁住它们体内的被改造的基因，让它们的后人不会发生异变，现在很多珍惜物种的神奇宝贝之所以个体如此稀少就是因为当年的实验害的。”
“那么那个拥有赐予之力的人呢？”小修问到重点。
“阿尔宙斯任命我们穿越时空，去找到他，我们穿越时空，来到十一年前，当时我们一边寻找一边做让你出生的事，结果就”说到后面安杰拉都脸红了，当然众人也脸红了，哪怕她说的再委婉但这话总是真的不能说出来啊！
“之后我们搬到真新镇，学习这个时代的文字和知识，然后在你三岁那年离开你，去找他，我们只所以每次即使回来也不会亲自去找你，是因为我们一旦沾染上你身上的赐予之力，要找到他就更不可能了。”
“这是为什么！”小修不解地问。
“因为赐予之力在幼年体上容易出现暴走现象，而且赐予之力一旦暴走，会殃及周边的生命！导致他们的死亡！”
“诶”5（诶）4
“你们几个这是什么反应！”
“在我六岁的时候，我体内的赐予之力爆发过。”
“纳尼！难道说”
“嗯，我们当时就在他身边。”4（嗯，我们当时就在他身边。）4
“这是不可能的！我亲眼见过有人因为赐予之力暴走结果丧失了上百条生命！你们竟然没事！”
“诶这么猛！莫非是她保护了小智他们？”
“她是谁？”
“我也不知道，我在梦里见过的，一个长着白发的姐姐，嗯放在现在我差不多该叫她阿姨了。”迷之空间里正在给花花草草浇水的阿尔宙斯：啊楸！咦？奇怪？谁在背后说我坏话啊？
“阿姨？白发？不会是它吧？如果是它的确有这能耐。”
“你说的它不会是阿尔宙斯吧？”
“嗯，确实是它，四年前你的暴走一定是它救了你们几个孩子的命，不然你们不可能活到现在的。”安杰拉肯定的说。
“那我们以后见到它一定要好好道个谢了！”小智说。
“别傻了，人家阿尔宙斯可没那么容易就能见到，好了，我能告诉你的就这么多，剩下的我希望你不要去寻找，因为那些都太过黑暗。”
“我知道了，对了，我们找到了几只被封印住的神奇宝贝，怎么办？”
“就让它们一直被封印住比较好，因为这样做可以保护它们。”
“好，我知道了。”
“那就这样吧儿子，对了，蓝素和蓝洛虽然不是超古代的，但也被改造过。”
“纳尼！”8
“放心，没有对它们做什么，只是让它们可以对赐予之力敏感起来，是阿尔宙斯弄的，只要你体内的赐予之力问题解决，它们的敏感体质就会消失。”
“早说”众人顿时松了口气。
“好了儿子，再说再见之前能不能满足妈妈一个小小的要求呢？”
“你说吧。”
“我想看你变成女生后穿水手装女仆装死水库比基尼白领服”安杰拉话还没说完，小修直接合上实况接收器，断开通信，阴着脸对其他人说：“请你们立刻忘记刚才我老妈说的话。”
“我们只记得超古代的事！”7